蜈蚣具有息風鎮痙，攻毒散結，通絡止痛的作用。主要用於小兒驚風，抽搐痙攣，中風口，半身不遂，破傷風，風溼頑痺，瘡瘍，瘰癧，毒蛇咬傷等證。
現代臨床上還用於治療結核病(結核性胸膜炎、結核性肋膜炎、肺結核、散發性結核、骨結核、乳腺結核及頸淋巴結核等)，癌症(食道癌、乳腺癌、皮膚癌、肺癌、子宮癌、唇腺癌等)。
1.痙攣抽搐。本品性溫，性善走竄，通達內外，搜風定搐力強，與全蠍均為息風要藥，兩藥常同用，治療各種原因引起的痙攣抽搐，如止痙散(《經驗方》);若治小兒口撮，手足抽搐，以本品配全蠍、鉤藤、殭蠶等，如撮風散(《證治準繩》)，又(《聖惠方》)萬金散，治小兒急驚，以本品配丹砂、輕粉等分研末，乳汁下;若治破傷風，角弓反張，即以本品為主藥，配伍南星、防風等同用。如蜈蚣星風散(《醫宗金鑑》)。經適當配伍，本品亦可用於癲癇、風中經絡，口眼斜等證。
2.瘡瘍腫毒，瘰癧結核。本品以毒攻毒，味辛散結，同雄黃、豬膽汁配伍制膏，外敷惡瘡腫毒，效果頗佳，如不二散(《拔萃方》);本品與茶葉共為細末，敷治瘰癧潰爛，如《本草綱目》引《枕中方》驗方，新方結核散，配合全蠍、土鱉蟲，共研細末內服，治骨結核;若以本品焙黃，研細末，開水送服，或與黃連、大黃、生甘草等同用，又可治毒蛇咬傷。
3.風溼頑痺。本品有良好的通絡止痛功效，而與全蠍相似，故二藥常與防風、獨活、威靈仙等祛風、除溼、通絡藥物同用，以治風溼痺痛、遊走不定、痛勢劇烈者。4.頑固性頭痛。本品搜風，通絡止痛，可用治久治不愈之頑固性頭痛或偏正頭痛，多與天麻、川芎、白殭蠶等同用。
