磨牙的動作是由咀嚼肌的持續收縮引起的。咀嚼肌由三叉神經的第3支———運動支管理。至於運動支為甚麼那樣興奮，在夜裡人體既不吃也不喝的情況下，還要命令咀嚼肌不停地收縮，道理目前還不是特別清楚。不過，從臨床來看，由蛔蟲病和胃腸功能紊亂引起磨牙的例子倒是經常可以見到。
在人體腸道內寄生的蛔蟲能分泌多種毒素，如神經毒素、過敏毒素、溶血毒素以及酶性毒素等。此外，蟲體排出的某些代謝產物也會不斷刺激正在熟睡中的人體大腦的相應部位，使有些人夜間咀嚼肌持續收縮從而造成磨牙現象。
已經發現，如果兒童白天玩得過於興奮，或者那些白天工作過於緊張，夜晚睡前還忙碌不停、過於疲勞的人，入睡以後雖然大部分大腦皮質處於抑制狀態，但還會有一部分區域(如腦橋的三叉神經)處於興奮狀態。這樣，它就會發出“信號”命令面部的咀嚼肌作短暫持續的縮。於是睡著的人就表現為下頜不由自主地上下左右前後運動，從而發出“吱吱”的磨牙聲。這種夜間磨牙，別人聽得清清楚楚，而磨牙者自己卻完全不知。
