1、抗腫瘤作用
番木瓜鹼具有杭淋巴性白血病細胞(L1210)的強烈抗癌活性和抗淋巴性白血病P388和EA腫瘤細胞的適度活性。
2、抗菌和抗寄生蟲作用
番木瓜鹼在試管內對 結核桿菌(H37RV)稍有抑制作用;葉和根有很微弱的杭菌作用，葉柄無效。也有人證明葉及漿汁無抗菌作用，而種子、果實及根有一定的抗菌作用;抗菌成分的最好溶媒是 丙酮;含量有季節差異。果實之浸膏稍能延長感染病毒之雞胚生存期。該植物各種浸膏整體試驗時均無抗瘧作用。番木瓜鹼有殺滅阿米巴原蟲的作用，臨床應用其鹽酸鹽皮下注射亦有效。漿汁及木瓜蛋白酶用於驅除 絛蟲、蛔蟲及 鞭蟲等有效。後者的殺蛔蟲作用已經實驗證明。從種子中分離出的異 硫氰酸苄酯有驅蛔作用，而且除局部刺激外無任何毒性。番木瓜甙也曾用作驅蟲劑。
3、蛋白酶的作用
木瓜蛋白酶，能幫助蛋白消化，可用於慢性消化不良及胃炎等。亦可用於腹腔注射防治粘連，動物試驗證明其防治粘連再發的效果比胰蛋白酶好。未成熟果實的漿汁在炭疽病灶中能消化損壞的組織，而健康的組織不受影響;成熟的果實效果較差。木瓜蛋白酶水溶液可溶解小血塊，如加入微量谷胱甘肽則溶解更快。也能溶解粘稠的膿;土黴素、金黴素、氯露累、鏈黴素可延緩這一作用，青黴素、磺胺及 Gastrisin對之則無影響。因此木瓜蛋白酶可用於有壞死組織的創傷、慢性中耳炎，用作溶解白喉偽膜以及燒傷時的酶性清創。木瓜蛋白酶是有效的抗原，無論吸入、內服、注射及局部應用均能發生過敏。它可釋放 組織胺，靜脈注射毒性很大。
4、抗凝作用
靜脈注射木瓜蛋白酶可引起組織胺釋放，延長血凝時間，防止發生休克。從漿計中獲得 的蛋白性物質無論試管試驗或整體試驗均有顯著的抗凝作用，在抗凝劑量時(狗，2毫克/千克)，對心血管及呼吸系統無明顯作用，大劑量對心臟有直接抑制作用。由於過敏及引起迴腸痙攣，其治療應用仍受限制。
5、降壓作用
番木瓜鹼可引起家兔血壓下降，對離體蛙心、兔心引起擴張期停止，使蛙後肢血管收縮，兔耳殼、腎臟、小腸及冠狀血管舒張。
6、抑制平滑肌作用
番木瓜鹼抑制腸管(貓、兔及鼠)及氣管( 豚鼠)平滑肌，對妊娠子宮(兔及豚鼠) 及正常子宮(豚鼠)，少量使之興奮，大量使之麻痺，對骨胳肌則使之麻痺。種子含番木瓜甙及 芥子酶(Myrosin)，前者和芥幹甙類似，水解後產生刺激性揮發物。
