當病毒進入人體後，首先進入血液，引起病毒血症，隨後可侵入全身器官或中樞神經系統;亦可由病毒直接侵犯中樞神經系統。發生病毒腦炎時，常引起神經細胞的炎症、水腫、壞死等改變，出現一系列臨床表現。當炎症波及腦膜時，則稱為病毒性腦膜腦炎。
病毒性腦炎輕重差別很大。既有高熱不退者，也有僅為低熱者。通常都有不同程度的頭痛、嘔吐、精神面色不好，睏倦多睡。重者可有抽風、昏迷、肢體癱瘓、呼吸節律不整等表現。由於病毒的種類不同，腦炎的表現也就多種多樣。流行性乙型腦炎(簡稱乙腦)是由帶病毒的蚊子傳播而發生，最易引起高熱、抽風、昏迷。發病急驟，進展迅速，致殘率及病死率均較高。
單純皰疹病毒引起的腦炎病情亦十分嚴重。腦部不但有炎症、水腫，而且出血、壞死等亦較多發生。
腮腺炎腦炎是流行性腮腺炎的一個合併症。病兒除腮腺腫痛外，逐漸產生頭痛、嘔吐等症狀，提示腦部可能受到損害。有的病人在腮腺炎好轉後才出現腦炎症狀。極少數病人始終無腮腺炎之症象，一開始即為腦炎之表現。
病毒性腦炎可通過臨床表現、腦脊液化驗、腦電圖及C T來診斷。少數有條件的醫院可做特異性抗體或病毒分離。以期進一步明確病原。
確診或疑似病人均可採用抗病毒治療。對於單純皰疹病毒引起者可用無環鳥苷;其它病毒引起者可用病毒唑及中西醫結合綜合療法。
病毒性腦炎的預後與所感染的病原密切相關。單純皰疹病毒引起者預後較差。不少存活病人留有不同程度的後遺症。
除注意體格鍛鍊外，注射各種抗病毒疫苗是預防病毒性腦炎的根本途徑。
