目前臨床使用的慢性乙肝抗病毒藥物有七類，即：α干擾素，包括普通干擾素和聚乙二醇干擾素（短效干擾素、長效干擾素）；核苷（酸）類似物，包括拉米夫定、阿德福韋、替比夫定、恩替卡韋和替諾福韋。
干擾素有固定的療程，一般推薦一年；但有效率較低，尤其是中國患者（由乙肝病毒基因型決定），停藥後的持久應答率為20%至40%；而且需要注射給藥，不良反應也較常見。
核苷（酸）類似物是口服制劑，易於給藥，控制病毒複製的能力更強，而且副作用較少。然而，這些藥物有兩個缺點：一是需要長期服用，很難規定停止服用的時間；二是長期使用會增加產生耐藥變體的風險，一旦產生耐藥，就需要改變治療方案。因此，耐藥性變異發生率低的恩替卡韋和替諾福韋現在被推薦為首選的口服抗病毒藥物。
此外，許多國家和國際肝病專家正在進行干擾素和口服抗病毒藥物之間的各種組合研究，但目前還沒有成熟的方案可以推廣。
由於目前的治療藥物還不能治癒乙肝，因此治療藥物的選擇和治療期間的隨訪就成為關鍵。建議乙肝患者選擇有經驗的肝病專家，定期隨訪，充分溝通，以提高抗病毒治療的效果。
