甲型肝炎病毒最早於1973年由Feinslone用免疫電鏡技術在急性期患者的糞便中發現，是微小RNA病毒科中的嗜肝RNA病毒屬中惟一的一種，可導致急性甲型肝炎。
甲型肝炎病毒呈球形，直徑27-32nm，表面無包膜，由32個殼粒組成其20面體結構。病毒內部含有由7500個核苷酸連接而成的單股正鏈 RNA。病毒分為實心顆粒和空心顆粒兩種形態。實心顆粒為完整病毒，具有傳染性，也就是說可以導致疾病的發生;空心病毒則無傳染性，但具有抗原性，也就是感染後不發病但可以產生相應的抗體。
當甲型肝炎病毒進入人體後，會在肝細胞的胞漿內複製，隨後釋放進入膽汁，最終隨糞便排出體外。甲型肝炎病毒較一般腸道病毒抵抗力強，可在淡水、海水、汙水、泥沙毛蚶等水產品中存活數天至數月。這就解釋了甲肝易通過貝類和水傳播的原因。應用高濃度酒精等化學消毒劑可在30分鐘內殺死甲肝病毒，同時冷凍和紫外線也可抑制病毒的生存和複製。
甲型肝炎病毒感染人體後，早期會產生HAV-IgM抗體，晚期產生HAV-IgG抗體。通過檢測這些抗體，就可以瞭解機體感染甲型肝炎病毒的情況。如果只檢測到HAV-IgM抗體，則說明是初期感染。如果只檢測到HAV-IgG抗體，則表明曾經感染甲肝或接種過甲肝疫苗，已經具備對甲肝的免疫力。
