1. 偏頭痛與卵圓孔未閉(patent foramen ovale, PFO)
有先兆偏頭痛合併PFO的比例約在40-60%，無先兆偏頭痛合併PFO的比例約在25%。反過來，PFO患者發生偏頭痛的機會也升高5倍。且偏頭痛合併PFO的患者愈發具有家族遺傳傾向。PFO容易誘發偏頭痛可能的機制是：右向左分流帶來的一些小栓子或氣泡容易誘發皮質擴展性抑制(cortica spreading depressing, CSD);一些血管活性胺類物質未經過肺循環直接進入左心，如前列腺素、5-羥色胺大部分在肺循環中被清除，血管緊張素I未經過肺循環轉變成血管緊張素II。
2. 偏頭痛增加卒中風險
與缺血性心臟病不同，危險因素(如性別、年齡、高血壓、糖尿病、吸菸)僅僅能解釋60%的卒中，而缺血性性心臟病90%都能用危險因素解釋。而不能解釋的卒中危險因素就包括偏頭痛。流行病學研究結果表明：偏頭痛和腦卒中(缺血性和出血性)之間確有聯繫。偏頭痛可能是令缺血性腦卒中風險加倍的獨立因素，尤其是有先兆偏頭痛更是如此;性別也是一個影響因素，女性偏頭痛腦卒中風險顯著升高，而口服避孕藥的偏頭痛女性腦卒中風險增加9 倍。
