本病的臨床表現多樣化。感染了本病毒後，表現可以從無症狀感染、流感樣全身性疾患、腦膜腦炎以至於嚴重的腦膜腦炎。但各型之間沒有截然的分界線。不同的臨床表現是否與不同的病毒株有關，目前尚未能肯定。
流感樣全身症狀是最常見的臨床表現。潛伏期一般為8～12天。起病急，發熱可高達39.5℃，伴有背痛、頭痛、全身肌肉痠痛。有些患者出現咽痛、咳嗽與其他上呼吸道感染的症狀。少數還可有皮疹、淋巴結腫大與壓痛、噁心、嘔吐與腹瀉等表現。病程一般在2周左右。部分患者，經過一段間歇後，可有第二次，甚至偶爾有第三次類似的發作，但症狀常較輕，持續時間較短。多數患者逐漸恢復，有些則發展到腦膜炎。
腦膜炎患者起病時可先有流感樣全身性症狀，也可以一開始就以頭痛、頸硬、嘔吐、腰背肌肉痛等腦膜刺激徵為主要特徵，但病情不如化膿性腦膜炎嚴重。腦脊液檢查符合淋巴細胞性腦膜炎的特徵。病程一般持續1～2周。腦脊液的改變較症狀恢復稍遲。
偶爾病變波及腦脊髓實質，出現腦膜腦炎的表現。病者可有個性改變、譫妄、嗜睡，甚至昏迷，亦可有腦神經與外周神經的感覺喪失與運動障礙、腱反射的改變等。個別嚴重者可致死。
只具有流感樣全身症狀的患者，由於臨床上缺乏腦膜炎表現，沒有指徵做腰椎穿刺，診斷只能依靠流行病學資料的提示，以及病毒血清學診斷證據。此類患者腦脊液檢查可出現異常。
有腦膜炎表現的患者，腦脊液檢查有一定幫助。腦脊液中的細胞數增加(即使在病程早期，仍以淋巴細胞佔絕大多數)，糖含量稍低，對診斷本病有一定提示。但是，腦脊液改變也是非特異性的，難以與其他原因的淋巴細胞性腦膜炎鑑別。
患者確診需要有病毒分離或血清抗體檢測的證據。急性發熱期可從患者血液或腦脊液中分離到淋巴細胞性脈絡叢腦膜炎病毒。急性期與恢復期雙份血清檢測病毒抗體，有助於鑑定急性感染。免疫熒光技術在病程早期便可檢出抗體，是一種快速而靈敏的診斷方法。在僅有單份血清標本的情況下，高效價的補體結合抗體可能是近期感染的指徵。由於中和抗體可在血清中持續存在多年，僅有中和抗體陽性，不足以確定本病的診斷。
