很多真菌均可致病，佔首位的是皮膚癬菌，然後是酵母菌和黴菌。皮膚癬菌因地區不同菌種也有差異。紅色毛菌遍佈世界各地，須癬毛菌見於亞洲、歐洲、美洲，紫色毛菌見於歐洲、非洲、中東，斷髮毛菌見於世界各國，麥格毛菌見於葡萄牙、西班牙，絮狀表皮癬菌見於世界各國，但近年較少見
念珠菌甲病以白色念珠菌為主，近年報告近平滑念珠菌發病率增高，其它還有克柔念珠菌、皺落念珠菌，光滑球擬醉母、熱帶念珠菌、偽熱帶念珠菌等。非念珠菌類酵母菌有念珠地絲菌、毛孢子菌等，最近發現糠秕馬拉色菌也可侵犯甲板。近年來酵母菌引起的甲真菌病呈上升趨勢，潮溼溫度高的地區更是如此。
致病的黴菌有短帚黴、暗色柱頂孢、透明柱頂孢、麴黴、鐮刀菌、頭孢黴、鏈格孢、可可毛雙孢、卡氏枝孢、新月彎孢、人甲棘殼孢、皮炎萬孢等。柱頂孢為熱帶和亞熱帶地區的甲真菌病的常見致病菌，感染後臨床症狀類似皮膚癬菌所致的手足癬及甲真菌病。
最近發現皮膚癬菌與酵母菌混合感染佔10%-20%，皮膚癬菌與黴菌混合感染為4%～17%，酵母菌與黴菌的混合感染為15%。對混合感染的致病意義目前有爭論，尚待作更多的研究。
灰指甲病因：
1)環境因素：氣溫高、溼度大是癬病多發的重要條件。因此，夏季、雨季的癬病比冬季、旱季多且重。有些耐旱抗寒的癬菌，在寒冷、乾旱季節照樣致病，這在我國北方多見。患者的工作、生活環境也不可忽視。通風良好的地方比密閉、悶溼的地方發病率低。人員擁擠的地方發病高，相反的地方發病率低。由此可見，職業、工種等對癬病發病率有很大影響。在高溫、高溼車間、特別是必須穿著厚重工作服才能生產而通風又差的環境易患癬病，若無洗澡設備或未能及時沐浴，則癬病發病率將明顯提高。
2)個人因素：男女老少都能得癬病。一般來說，青壯年男女更易罹患;愛運動、好活動者也易罹患。癬病不會遺傳，現在還不清楚有沒有家族易感性。個人衛生習慣與癬病直接有關。勤換衣、常洗澡的人較少患癬病;在公共浴室洗盆塘和在衛生條件差的游泳池游泳的人易傳染上癬病。飼養貓、狗等寵物者，易被寵物身上的癬菌感染。出汗多的人易患癬病。某些慢性病如營養不良、甲狀腺功能亢進症、糖尿病患者的癬病很多見，症狀也偏重。一些重症，如艾滋病、晚期癌症患者，不僅真菌性癬病發病率高，而且癬病分佈廣泛，表現奇特，十分頑固難愈。遺傳可能是真菌性癬病持續不愈的另一個因素。
