1、多種病原體可致腦炎
很多病原體可引起腦炎、腦膜炎或腦膜腦炎，如結核桿菌、肺炎支原體、立克次體、鉤端螺旋體、梅毒螺旋體、芽生菌、粗球孢子菌、莢膜菌、寄生蟲、弓形體、隱球菌等。此外，一些疾病如非典型性細菌性心內膜炎、細菌性腦膜炎、腦膿腫及膠原性血管病等也可表現腦炎的症狀，但是腦炎中最重要的病原體是病毒。
病毒感染也常累及腦膜出現腦膜炎，腦膜炎可分為細菌性和無菌性兩種，後者是指腦脊液塗片和細菌培養陰性的腦膜炎。由於無菌性腦膜炎多由病毒感染所致，所以無菌性腦膜炎和病毒性腦膜炎幾乎成為同義詞。病毒性腦膜炎的病程一般較短，預後較好。病毒性腦膜腦炎是指腦組織和腦膜同時感染。
2、百餘種病毒可引起病毒性腦炎
引起病毒性腦炎的病毒種類很多，如蟲媒病毒、皰疹病毒、腸道病毒、副黏病毒、風疹病毒、彈狀病毒、腺病毒、逆轉錄病毒、沙粒病毒等。
病毒性腦炎可可以分為流行性和散在性兩種，前者多為具有傳播媒介的病毒性腦炎，如乙型腦炎、東方馬腦炎、西方馬腦炎和委內瑞拉馬腦炎、呼吸道傳播的腦炎等，而散在性腦炎可由皰疹病毒或風疹病毒等引起。
我國常見的蟲媒病毒性腦炎有蚊蟲傳播的乙型腦炎、蜱傳播的森林腦炎。皰疹病毒性腦炎呈世界性分佈，單純皰疹病毒、鉅細胞病毒、EB病毒和水痘-帶狀皰疹病毒。新近分離的人類皰疹病毒6型(HHV-6)和7型(HHV-7)也具有神經細胞嗜性。此外，至少有4種腸道病毒可以引起腦炎、腦膜炎和腦膜腦炎，包括脊髓灰質炎病毒、柯薩奇病毒、埃可病毒(也稱腸道致細胞病變人孤兒病毒)和新發現的腸道病毒-71型。
