一、西醫病因病理
本病2/3以上病例可確認為某種病毒引起，多為細小核糖核酸病毒，如ECHO病毒4、6和9型，柯薩奇A、B組病毒，流行性腮腺炎病毒，淋巴細胞脈絡膜腦膜炎病毒，少見的有肝炎病毒、脊髓灰質炎病毒等。另外，單純皰疹病毒I型、Ⅱ型、腺病毒、水痘一帶狀皰疹病毒除引起腦實質炎症外，也可僅累及腦膜。腸道病毒引起的病毒性腦膜炎，發病高峰主要在夏秋和早秋。腮腺炎病毒腦膜炎一般多見於冬、春季節，與腮腺炎同時流行。淋巴細胞脈絡膜腦膜炎則以晚秋和冬季較常見，而單純皰疹病毒腦膜炎發病無明顯季節性，或由單純皰疹病毒的直接接觸感染，或為潛在感染後的重複反應引起。
二、中醫病因病理
中醫學認為本病系由於素體正氣不足而感受溫疫之邪，溫熱疫邪侵襲肺衛，外邪入裡，進入氣分。其發展變化不外衛氣營血的傳變規律，但溫熱疫邪傳變更為迅速。溫疫之為病，從口鼻而入，傳變入裡，擾及神明;或上擾於肺，上犯腦竅，矇蔽腦神，導致腦竅閉塞，經絡營衛閉阻，氣血逆亂，出現神昏、譫語、厥逆、閉證等。《重訂廣溫熱論》記載：“溫熱伏邪，內陷神昏，矇蔽厥脫等危症，……雖由於心包絡及胃肝脾腎任衝督等之結邪，而無不關於腦與腦系。蓋腦為元神之府，心為藏神之髒，心之神明，所得於腦而虛靈不昧，開智識而省人事，具眾理而應萬機。但為邪熱所蒸……血毒所致，則心靈有時而昏，甚至昏狂、昏癲、昏蒙、昏閉、昏痙、昏厥，而會不省人事矣。”均說明溫熱疫毒致病。同時溫熱易化火生痰，閉竅動風，出現身熱嗜睡，或項強，或瘛疚;溫熱之邪夾溼邪為病，溼困肌表則身重肢倦;邪氣阻滯脾胃則胸脘痞悶、噁心嘔吐;痰閉心包則表情淡漠、朦朧嗜睡。
