1、神經源性肌萎縮主要是脊髓和下運動員病變引起。見於脊椎椎骨骨質增生、椎間盤病變、脊神經腫瘤、蛛網膜炎、神經炎、神經叢病變、脊神經腫瘤、蛛網膜炎、神經炎(神經炎【譯】：是指神經或神經群發炎衰退或變質其症狀隨病因而有所相同不同一般症狀是疼痛觸痛刺痛受感染的神經癢痛和喪失知覺感染部分紅腫以及嚴重的痙攣。)、神經叢病變、神經損傷、脊髓空洞症、運動神經元性疾病、格林-巴利綜合徵、腦部病變和脊髓病變導致的廢用性肌萎縮症等。
2、髓的病變也是導致這種疾病發生的原因，如脊髓壓迫，產傷，急性脊髓前角灰質炎，帶狀皰疹性脊髓炎等;一般是在腫瘤，炎症，變性等都會引發受累神經 所支配的肌肉發生，急性，亞急性或者是慢性的失神經支配，發生肌萎縮，周圍神經病變的原因是不同的，決定了肌萎縮發病的形式，但是卻不能決定它的臨床類型。
3、天性發育畸形所導致的繼發性中樞神經元性的肌萎縮，如脊髓發育不全，脊髓積水，腦脊髓膨出，脊管閉合不全，延一脊髓空洞症等;腦源性的 肌萎縮是很少見的。一般是發生在大腦皮質的萎縮性病變，尤其是兒童時期的大腦半球頂葉病變，先天性運動區發育強或大腦半球深部佔位性病變，炎症等，導致身 體相應部位的肌萎縮;
4、發性脊髓前角或者是腦幹顱神經運動核及它傳導途徑的病變所導致的肌萎縮。如運動神經元疾病，包括嬰兒進行性脊髓肌萎縮，少年進行性球麻 痺;併發在中樞神經瀰漫性病變的神經元性肌萎縮，如，慢性進行性舞蹈病，海綿狀自質腦病，家族性遺傳性共濟失調，大腦葉性萎縮等，這也是肌肉萎縮的致病因 素。
5、肌源性肌萎縮常見於肌營養不良、營養不良性肌強直症、週期性麻痺、多發性肌炎、外傷如擠壓綜合徵等、缺血性肌病、代謝性肌病、內分泌性肌病、藥源性肌病、神經肌肉傳遞障礙性肌病如重症肌無力等。
6、廢用性肌萎縮上運動神經元病變系由肌肉長期不運動引起，全身消耗性疾病如甲狀腺功能亢進、惡性腫瘤、自身免疫性疾病等。
7、中毒的因素，興奮毒性神經遞質。經過調查，一些患者轉運功能喪失是由於運動皮質內轉運體mRNA轉錄副本異常連接異常所致。
8、遺傳的因素，有遺傳性的患者有5%-10%，這一般稱為家族性肌萎縮性側索硬化，成年型屬常染色體顯性遺傳，青年型為常染色體顯性或隱性遺傳，臨床上與散發病例難以分別。
9、免疫的因素，儘管MND患者血清曾檢出多種抗體和免疫複合物，但尚無證據表明這些抗體可選擇性以運動神經元為靶神經因子。現在認為，MND是不屬於神經系統自身免疫病的。
