小腸癌的另一危險因素為克羅恩病(Crohn's disease)，一項Meta分析的結果表明，克羅恩病發生小腸癌的危險性增加27倍，如果同時吸菸更增加其風險。伴有克羅恩病的小腸腺癌與散發性小腸腺癌的不同在於：(1)常侵及迴腸，而不是十二指腸;(2)發病年齡比一般小腸腺癌的高發年齡提前10~20歲;(3)常見表現為多發病灶。
目前我們對於小腸腺癌的發病機制所知甚少。小腸介於胃和結腸之間，且小腸粘膜上皮細胞的更新速度與結腸上皮相似，但小腸癌明顯比胃癌和結腸癌少見，與結腸癌的發病率之比大約為1:40。綜合小腸腫瘤發生率低的原因可能有：(1)腸內容物為鹼性且通過較快，減少了腸粘膜與致癌物質的接觸和機械性刺激;(2)小腸內細菌量少，因而致癌物質的形成減少;(3)存在保護性酶，使潛在的致癌物質被戒毒;(4)腸粘膜中含有高濃度的免疫球蛋白a，可中和潛在的致癌病毒;(5)胚胎髮育過程中腸的形成較晚，避免了不典型組織的種入。
