臨床表現：
1.無症狀性感染
柯薩奇病毒和埃可病毒感染最常見，約50%不出現臨床症狀，為無症狀性感染。
2.非特異性熱病
發熱是腸道病毒感染最常見的表現。常常突然起病，無前驅症狀，幼小嬰兒伴不適，年長兒腸道病毒性疾病的症狀可有頭痛、肌痛。體溫波動在38. 5～40℃之間，持續3天，有些病兒發熱l天，體溫正常2～3天后又升高，持續2~4天。常伴咽部不適，可有噁心、嘔吐，腹部不適、腹瀉及肌痛。體格檢查除結膜充血、咽充血和頸淋巴結大外無特殊。病程約3～4天。實驗室檢查無特殊。
3.手、足、口病
柯薩奇病毒A16是其主要病原。表現為粘膜皰疹，手較足多見，為柔軟的小泡，大小約3～7mm，多見於背側皮膚、手掌、腳底。在口腔中可破潰形成潰瘍，舌和頰粘膜易累及。皮疹約一週消失。
近年研究發現腸道病毒71亦可引起手、足、口病，但較柯薩奇病毒所致者嚴重，可併發無菌性腦膜炎、臍炎及癱瘓等。
4.皰疹性咽峽炎
病原體為柯薩奇病毒A組。腸道病毒性疾病的表現為急起高熱，咽痛、流涎、厭食、嘔吐等。檢查發現咽部充血，於咽弓、顎垂和軟顎上可見效個2～4mm大小的皰疹，周圍有紅暈，破潰後形成小潰瘍，皰疹亦可發生於口腔其他部位。病程約1～2周。
5.急性出血性結膜炎
病原體為腸道病毒70，兒童較少見，多發生在20～50歲成人。突然起病，伴眼痛、畏光、流淚、視物模糊，腸道病毒性疾病的症狀可伴短暫點狀角膜炎和耳前淋巴結大，繼發細菌感染時可見粘液膿性分泌物。全身症狀少見。
6.呼吸道表現
柯薩奇病毒和埃可病毒感染常引起咽炎、扁桃體炎、鼻咽炎等上呼吸道症狀。多種腸道病毒可致腮腺炎、喉炎、支氣管炎、感染性哮喘和肺炎。
胸膜痛(Bornholm's disease)柯薩奇病毒B3、B5和埃可病毒1和6型感染所致。突起發熱，胸部和上腹部劇烈疼痛，病人大汗淋漓、面色蒼白，呈休克樣。疼痛為痙攣性，持續15～30分鐘，期間呼吸淺快。聽診可聞及胸膜磨擦音，並隨疼痛的週期而出現和消失。腸道病毒性疾病的表現如疼痛侷限在腹部，易與腸絞痛、腸梗阻、闌尾炎和腹膜炎相混。發熱和疼痛通常持續1～2天，少數病例幾天後可再發。併發症少見。胸部X線檢查無異常，血中多形核粒細胞增多，血沉可正常或顯著增高。
7.胃腸道表現
約7%～30%腸道病毒感染可出現消化道症狀。嘔吐、腹瀉、腹部不適及腹痛較常見。
8.神經系統表現
多型柯薩奇病毒和埃可病毒可引起無菌性腦膜炎、腦炎，預後良好。亦可致癱瘓、格林-巴利綜合徵、小腦共濟失調、外周神經炎等。
9.心包炎和心肌炎
27種非脊髓灰質炎腸道病毒已被證實可導致心臟病變。柯薩奇病毒B5和埃可病毒6型是最常見的病原體。嚴重者可致死亡，否則恢復完全，偶見縮窄性心包炎等後遺症。
此外還可引起睪丸炎和附睪炎、肌炎、關節炎等。
10.新生兒感染
由於圍生期母親傳播，亦可由新生兒室流行所致。腸道病毒性疾病的症狀可見發熱、餵養困難、呼吸窘迫，蒼白和嗜睡。可出現心臟擴大、肝大和心電圖改變。預後不良。
