腸道病毒感染臨床表現複雜多變，病情輕重差別甚大。同型病毒可引起不同的臨床症候群，而不同型的病毒又可引起相似的臨床表現。
(一)呼吸道感染 埃可病毒及柯薩奇病毒的很多型均可引起，以上呼吸道感染為常見，也可引起嬰兒肺炎等下呼吸道感染。腸道病毒68型可引起小兒毛細支氣管炎和肺炎。
(二)皰疹性咽峽炎 主要由柯薩奇A群及B群病毒引起，埃可病毒引起較少。本病遍及世界各地，呈散發或流行，但以夏秋季多見。傳染性很強。潛伏期平均4天左右，表現為發熱、咽痛、咽部充血、咽部有散在灰白色丘皰疹，直徑1～2mm，四周有紅暈，皰疹破潰後形成黃色潰瘍，多見於扁桃體、軟顎和懸雍垂。一般4～6日後自愈。
(三)出疹性疾病 又稱流行性皮疹病(epidemic ixanthemata)，柯薩奇病毒及埃可病毒均可引起。多見於嬰兒及兒童，成人較少見。潛伏期3～6天。出疹前多有上呼吸道症狀如發熱、咽痛等。皮疹於發熱或熱退時出現，呈多形性，有斑丘疹、斑疹、猩紅熱樣皮疹、風疹樣皮疹、皰疹及蕁麻疹樣等。不同形態的皮疹可同時存在或分批出現。可伴有全身或頸部及枕後淋巴結腫大。
(四)手足口病 主要由柯薩奇病毒A5、9、10、16型引起，尤以A16多見。多發生於5歲以下小兒，傳染性強，可暴發流行或散發。初起低熱、厭食、口痛等。口腔粘膜出現小皰疹，後破潰形成潰瘍。多分佈於後舌、頰及硬顎，亦可見於齒齦、扁桃體及咽部。多同時在手足皮膚出現斑丘疹，偶見於軀幹、大腿及臀部。斑丘疹很快轉為小皰疹，較水痘皮疹為小，2～3日內吸收，不留痂。預後良好，但可復發。有時可伴發無菌性腦膜炎、心肌炎等。
(五)腦膜炎、腦炎及癱瘓性疾病 柯薩奇病毒A群、B群和埃可病毒的許多型以及腸道病毒71型均可引起此類疾病。
