幽門螺桿菌是人類至今唯一一種已知的胃部細菌，其他種的螺桿菌也於部分哺乳動物及雀鳥體內找到。長期的潰瘍，會導致癌症，因此WHO宣佈胃幽門桿菌為微生物型的致癌物質，也是第一個可致癌的原核生物。
醫學界對該菌與胃部疾病關係的認知較為緩慢，他們一直認為沒有任何細菌能夠長時間在胃部強酸的環境下生存。及後經過更詳細的研究，包括馬歇爾曾喝下試管內的桿菌得到胃炎，並以抗生素治療，醫學界才開始改變對胃病的看法。
在正確認識該細菌以前，胃潰瘍病人通常會以中和胃酸及減少分泌的藥物來治療，但經此方法治療後大多會復發。而胃炎患者則會服用鹼式柳酸鉍，這方法通常會見效，當時人們仍不知道其機制，後來才發現藥物中的柳酸鹽會殺死胃部的桿菌，可作為抗生素。
幽門螺桿菌感染現在主要靠抗幽門螺桿菌藥物進行治療。
儘管幽門螺桿菌在體外對許多抗菌藥物都很敏感，但是在體內用藥並不那樣如意。這是因為幽門螺桿菌主要寄生在粘液層下面，胃上皮細胞表面。注射途徑用藥，對它無作用，經口局部又因為胃酸環境.粘液層的屏障及胃的不斷排空作用，使藥效也大大地受到了限制。再加上有些藥長期應用易產生嚴重的副作用或耐藥菌株等問題。因此幽門螺桿菌感染引起的急慢性胃炎.消化性潰瘍等疾病，本來看起來很容易治療的問題，實際上效果並不總是很理想。何況目前缺乏合適的幽門螺桿菌感染的動物模型，可供幫助制訂有效的治療方案。
因此目前的治療方案几乎全憑臨床經驗制訂，有很大的侷限性(因地區、人群的差異)。總的講來，目前不提倡用單一的抗菌藥物，因為它的治癒率較低，一般<20%，且易產生耐藥性。
治療方案的選擇原則是：
① 採用聯合用藥方法，如國際上普遍採用的三聯療法;
② 幽門螺桿菌的根除率>80%，最好在90%以上;
③無明顯副作用，病人耐受性好;
③ 病人經濟上可承受性。
判斷幽門螺桿菌感染的治療效果應根據幽門螺桿菌的根除率，而不是清除率。根除是指治療終止後至少在一個月後，通過細菌學、病理組織學或同位素示蹤方法證實無細菌生長。
目前國內外常用的抗幽門螺桿菌藥物有：胃復春片、 羥氨苄青黴素、甲硝唑、克拉黴素、四環素、強力黴素、呋喃唑酮、有機膠態鉍劑(de-nol等)、胃得樂(胃速樂)、樂得胃、西皮氏粉和胃舒平等。潰瘍病患者尚可適當結合應用質子泵抑制劑或h2受體拮抗劑加上兩種抗菌素，或者質子泵抑制劑(如奧美拉唑)加上一種抗菌素。
用藥方案：
奧美拉唑(泮托拉唑或者雷貝拉唑)+克拉黴素(左氧氟沙星)+阿莫西林(甲硝唑)
治療時間：療程一般為兩個星期。由於治療幽門螺桿菌感染抗菌方案的廣泛應用，有可能擴大耐藥性問題的產生。因此，將來替換性的治療或預防策略，如疫苗預防或免疫治療的研究是值得重視的。
