在人的口腔裡(包括舌苔上)生長有各式各樣的細菌、黴菌等微生物，它們平時互相制約，保持著一定的平衡狀態，對人的健康也沒有甚麼妨礙。如果因為疾病的需要，應用了大量多種廣譜抗生素，那麼這些微生物的平衡狀態就會被打破。一些對抗生素比較敏感的細菌被殺滅，而相對不怕這些抗生素的黴菌卻乘機大量生長。由於黴菌大都會產生各種顏色，因而就可在舌頭上出現從棕色到黑色的各種苔色，停用抗生素後可以自然恢復。
然而也有人並沒有用過抗生素而出現黑苔。例如有些長期發熱的人，可出現焦黑苔，中醫認為是熱極化火，火把舌苔“烤焦”了而形成黑苔。有一些慢性病，例如尿毒症、惡性腫瘤等，在病情惡化時也會出現黑苔，這是病情危急的徵象。
還有一種情況，當精神處於高度緊張的狀態時，也會出現黑苔。例如，懷疑自己患癌的“恐癌症”病人，有的沒有幾天舌苔就黑了，舌根部苔很厚甚至像毛髮那樣由後向前傾倒，等到檢查後排除了癌腫，思想顧慮解除了，常可以無藥而愈，黑苔自然消失。有人解釋，在精神緊張時，口腔內酸度增加，有利於黴菌的生長。
此外，某些慢性病人出現腎虧症狀(如腰膝痠軟、頭暈、耳鳴、性功能低下)時，有時也可見到黑苔，經過治療，“腎虧”好轉，黑苔也會自然消失。
