起病隱襲，早期常無症狀，或症狀輕微，容易被忽略。從有症狀到確診，一般平均1～3 年。病程常為慢性、反覆發作性，多見於青年人，女性略多於男性。
其症狀包括髮熱、噁心、嘔吐、腹痛、腹瀉、排便困難、膿血便、裡急後重等消化道症狀，嚴重時可出現消化道梗阻、穿孔、腹腔膿腫、腸瘻、出血、甚至癌變;進行性消瘦和營養不良的發生率相當高，兒童和青少年患者可出現生長髮育遲緩;皮膚、眼部、口腔、骨骼關節、肺部、肝臟、膽道等腸外表現也較多見。
陣發性痙攣性腹痛是該病最常見的症狀，隨著病程進展可表現為持續性鈍痛，迴腸病變常出現右下腹痛，進食後可加重，常易被誤診為急性闌尾炎。大便性狀改變及排便次數增加也是該病常見症狀之一，約85%的患者可出現腹瀉，40%～50%的患者可有血便，出血部位主要為迴腸和結腸。
