(一)水楊酸偶氮磺胺吡啶(sulfasalazine，SASP)和5-氨基水楊酸(5-ASA) 適用於慢性期和輕、中度活動期病人。SASP在結腸內由細菌分解為5-ASA與磺胺吡啶。後者能引起胃腸道症狀和白細胞減少、皮疹和精液異常而導致不育等不良反應;而前者則是SASP的有效成份，主要是通過抑制前列腺素合成而減輕其炎症。治療劑量為4～6g/d，分4次服用，一般3～4周見效，待病情緩解後可逐漸減量至維持量1～2g/d，主張連續應用1～2年。
(二)腎上腺皮質激素 皮質激素的作用為穩定溶酶體酶，減少毛細血管通透性，抑制化學趨向性及吞噬作用，並能影響細胞介質的免疫反應。常用於重症或暴發型患者。治療劑量為強的松40～60mg/d，用藥10～14天，有75%～90%患者症狀緩解，以後可逐漸減量至5～15mg/d，維持2～3個月，也有主張維持1～2年者。10%～15%病人在完全停用激素後症狀可復發而需要長期口服強的松10～15mg/d以控制病情，對不能耐受口服者，可靜滴氫化考的松200～400mg/d或ACTH40～60u/d，14天后改口服強的松維持。
(三)其他藥物 對磺胺藥或腎上腺皮質激素治療無效者，可改用或加用其它免疫抑制劑，如硫唑嘌呤、6-巰嘌呤(6MP)、環胞菌素、FK506等，也可合用免疫增強劑，如左旋咪唑、干擾素、轉移因子、卡介苗及免疫球蛋白等;此外，滅滴靈、廣譜抗生素、分離的T細胞和單克隆抗體等也可應用，但上述各藥的療效評價不一。
(四)外科手術 半數病例早晚需作外科手術切除病變腸段。5～10年內有部分病例可能仍宜再次手術。
緊急手術指徵：①急性小腸梗阻;②併發中毒性巨結腸，保守治療無效者;③急性闌尾炎不能排除者;④急性腸穿孔和嚴重腸出血，保守治療無效者;⑤腸內感染灶用抗生素不能控制者。
