如何確定肝移植的時機是很重要的，也就是說，在慢性疾病進展的哪個階段，肝移植會給病人帶來最好的結果和預後。
食管胃靜脈曲張破裂出血，每次造成30-50%的死亡，70%的患者在2年內再次出血；頑固性腹水，6個月的生存率只有60%；10-15%的終末期肝病患者發生自發性腹膜炎，易復發，每次造成50%的死亡。和肝性腦病，如果藥物治療效果不佳，那麼其1年生存率只有15-40%；因此，當慢性肝病患者出現一種或多種與門靜脈高壓或肝衰竭有關的併發症時，應考慮進行肝移植。如反覆發作的食管胃底靜脈曲張出血、難以控制的腹水、肝性腦病、凝血功能障礙、反覆發作的自發性腹膜炎和肝腎綜合徵；2.嚴重嗜睡、難以控制的瘙癢、嚴重的代謝性骨病、複發性化膿性膽管炎導致生活質量下降；3.實驗室檢查：血漿蛋白低於30g/L，凝血酶原時間（PT）高於正常控制值5秒以上；血總膽紅素大於50-100mg/L。
當慢性肝病患者出現上述情況時，往往意味著生存時間較短，一般不超過6-12個月，一旦進入重症肝病終末期，患者往往需要重症監護和輔助呼吸來維持呼吸和循環功能，不進行肝移植往往難以生存1-3個月，肝移植風險高，移植後住院時間長，費用明顯增加。因此，在疾病的非晚期階段（即病人的肝病進展不太嚴重時）進行肝移植，可以降低圍手術期的風險，改善生活質量，並能大大降低治療費用。
