自十九世紀末以來，肝活檢仍然是評估肝臟疾病的病因和程度的標準檢測。目前，經皮穿刺活檢主要由胃腸病/肝病科醫師或放射科醫師進行。
肝活檢通常是安全的，且目前被認為是評估肝臟炎症和纖維化的標準檢測，但不可避免的存在抽樣誤差，罕見併發症，偶爾會引發患者明顯的焦慮情緒。上述因素導致人們對肝纖維化的非侵入性檢測開發產生了濃厚的興趣。非侵入性檢測兌現了減少肝活檢需要的承諾，但大多數肝臟學家認為其臨床應用比較有限。當前可用的測試在檢測慢性肝病中間階段進展時，結果存在差異。而且，這些檢測方法尚缺乏驗證，也是其潛在的缺點之一。以下為肝活檢的適應症及禁忌症。
適應症
肝活檢，聯合病史及體檢資料，是診斷及治療肝臟疾病的有效臨床工具。根據臨床問題，獲取活檢標本的適應症如下：
1、異常肝實驗室檢查結果；
2、確認診斷和預測；
3、可疑肝腫瘤；
4、膽汁淤積性肝病診斷；
5、浸潤性或肉芽腫性疾病評估；
6、肝移植術後評估和管理排斥反應；
7、評估不明原因的黃疸或可疑藥物反應。
活檢標本可用於識別或排除軀體或實驗室異常的可能病因。不同的疾病可能表現為相同的狀態，可以在臨床表現背景下使用診斷組織學模式。例如，肝實質脂肪浸潤可能存在於由於酒精濫用、丙型肝炎、糖尿病、肥胖等導致的疾病。對於每種疾病狀態，組織學線索可以將它們區分開來。
肝活檢的另一個用途是測定活檢標本中組織學改變的程度。這涉及到病理學家指出的肝臟炎症及纖維化程度評分系統。大多數評分系統使用分級報告炎症的程度，使用分期報告纖維化程度。例如，中度炎症反應（3級）與肝硬化（4期）。
第三種情況是監測疾病的進展或治療效果。例如，肝活檢標本經常被用於評估及治療肝移植術後的排斥反應。重複活檢較少用於監測疾病的進展，如原發性膽汁性肝硬化、慢性丙型肝炎或酒精性肝病。
禁忌症
肝活檢的禁忌症如下:
1、凝血酶原時間（PT）延長，國際標準化比值(INR)＞1.6；
2、血小板減少症，血小板計數＜60,000/μL；
3、腹水(首選經頸靜脈途徑)；
4、困難體型(優先選擇經頸靜脈途徑)；
5、疑似血管瘤；
6、疑似內包蟲感染；
7、不合作的患者。
