1.系統性紅斑狼瘡 雖然該病與SS的共同之處是兩者均為自身免疫性風溼病，抗核抗體、抗RNP抗體、抗SSA抗體和抗SSB抗體陽性，但通過檢查抗dsDNA抗體、抗Sm抗體及臨床表現不難鑑別。應注意60%的病人兩病重疊。
2.類風溼關節炎 兩病的共同特點是均可出現類風溼因子陽性，類風溼關節炎的關節病變是一種侵蝕性關節炎，與SS鑑別較易，但應注意有60%～70%類風溼關節炎病人與SS重疊。
3.腎小管酸中毒 對於不明原因的腎小管酸中毒，應高度警惕SS繼發的可能。
4.流行性腮腺炎 多見於兒童，呈流行性，與感染源接觸經2～3周潛伏期才發病，病情不反覆。症狀在1周左右減輕，有時也可伴有關節炎，關節炎也可在數週內減輕。
5.化膿性腮腺炎 多見於成人及糖尿病患者，在機體抵抗力下降時發病，大部分為一側性，有發熱、白細胞增加及局部明顯的炎症表現。
6.腮腺惡性腫瘤 單側性緩慢增大，如侵犯面神經，可引起面神經麻痺。
7.慢性肉芽腫 由結核、結節病、黴菌引起的腮腺慢性肉芽腫，鑑別較困難，有時需依靠病原學及病理檢查加以鑑別。
