藥物不能順利通過食管，有時會造成食管黏膜的摩擦性損傷，有時會黏附於食管壁上，刺激食管黏膜引起炎症，甚至形成潰瘍。尤其是膠囊類藥物，原本應在到達胃部後溶解釋放藥物，卻在食管內溶解，不僅損傷食管，而且還會影響藥物的吸收和療效。有人做過調查，發現幹吞藥片後，會在1~4小時內引起不良反應，出現炎症、水腫，引起咽部異物感、胸骨後疼痛、燒灼感、吞嚥痛、下嚥困難等不適，嚴重者可致食管潰瘍、穿孔、嘔血。其中引起食管損傷的最常見藥物有四環素、強力黴素、硫酸亞鐵、氨茶鹼、氯化鉀、複方磺胺甲惡唑、非甾體類消炎藥和膠囊劑。
服藥姿勢不當，也會導致食管損傷。例如，躺著服藥片或膠囊時，如只用一口水送服，有60%的藥物不會直接到達胃部，而是黏附在食管壁上。而採用站立姿勢，用60~100毫升水送服藥物者，藥物很快就能到達胃部。
正確的服藥方法是取站立位或坐位，用200~ 300毫升水送服。服藥後不能立即躺下，至少保持原姿勢90秒。如病情嚴重不能取站立位或坐位時，應當考慮採用其他途徑給藥或服用水劑。
