1、治療療程的不確定性：據最新的臨床研究表明，乙肝正規的抗病毒治療往往需要2年以上，甚至更漫長的治療療程，且其停藥指標也不容易達到。肝病治療的療程的不固定性，使得很多肝病患者把乙肝治療形象的比做"無底洞"。
2、抗病毒治療的耐藥問題：乙肝抗病毒治療的耐藥問題，是所有的核苷(酸)類藥物都有的缺點，也是左右治療費用的關鍵因素之一。耐藥出現後，一般都要考慮換用其他相應的口服藥物替代治療或同一藥物加量治療。這樣，無疑為乙友帶來了更大的經濟負擔
3、治療方法的選擇：在目前傳統的乙肝治療方法中，中藥保肝、抗病毒、抗纖維化、免疫調節以及對症治療常常聯合應用。甚者，抗病毒治療藥物也在試探性的聯合應用。聯合治療有一定的優勢，而其最大的缺點就是治療費用成倍增加。
4、醫療陷阱的誘惑：目前，我國仍然有數以千萬計的乙肝病毒攜帶者，迫於升學、就業和愛情等諸多社會問題的壓力，很多乙肝病毒攜帶者不得不四處求醫問藥。有甚者更是懷著僥倖心理，去試用一些民間的"偏方"、"秘方"和所謂的"特效藥".而結果大都以上當受騙而告終，最後，乙肝不僅沒治好，而且還花了不少錢，有的甚至因為長期胡亂治療而導致藥物性肝損害。
