近年的認識隨著對腫瘤的生物學的特徵的瞭解，腎輸尿管腫瘤手術不能千篇一律。低期低級的腎輸尿管癌行部分腎輸尿管切除和根治手術療效相同。高期高級癌則應行根治性手術，否則難以治癒，特別是細胞學陽性者。有主張高期高級的侷限的癌病變時仍可行部分切除的手術，最後發現90%死於癌，而根治手術者死於癌僅30%。輸尿管切除必須包括膀胱壁段，否則60%可發生膀胱癌。根治手術是否應行淋巴結清掃術?一般持否定態度，因為有淋巴結轉移者很少自下而上超過一年的。
孤立腎或雙腎同時有腫瘤者如屬低期低級，尿細胞學陰性者應爭取儘可能保留腎組織，高期高級者則透析下根治手術。有時對細胞學陰性低級的腫瘤行徑腎盂鏡檢切除腫瘤。輸尿管腫瘤行部分切除保留腎臟者約佔20%。
腎盂癌無浸潤者5年生存率40%～59%，有浸注分化不良者10%～25%。已如前述腎盂輸尿管腫瘤容易出現器官腫瘤，必須緊密隨訪，也有主張每6個月行尿細胞學檢查一次，膀胱鏡檢查隨訪2年。
在治療腎輸尿管腫瘤時必須注意與輸尿管息肉相鑑別，輸尿管息肉是間葉組織上覆的一層薄的良性尿路上皮，蒂很長，且可以有分支表現光滑，細胞學陽性。組織內混有血管和纖維組織，血管多的被稱為“血管瘤”。嚴重血尿，纖維多者稱“纖維瘤”。息肉多發於年輕人。
