隱球菌侵入人體的部位不同，臨床表現亦不相同。
1.皮膚黏膜隱球菌病 10%～15%的隱球菌病患者出現皮膚損害，原發型較為少見，繼髮型多由系統性感染經上行播散而來。
(1)皮膚損害：表現為丘疹，水泡，膿皰，傳染性軟疣樣丘疹，痤瘡樣膿皰;皮下組織腫塊，浸潤性結節，膿腫，蜂窩組織炎，水痘樣皮疹，癤腫樣損害，紫斑，疣狀增殖，潰瘍等,無特徵性，表面可覆以粘性滲出性薄膜。
(2)黏膜損害：常發生在軟顎，硬顎，舌扁桃體，牙齦，鼻中隔或咽部，上頜竇等處，由血行播散而來，或自皮膚擴展引起，表現為結節，肉芽腫或慢性潰瘍等。
2.中樞神經系統隱球菌病 隱球菌侵犯中樞神經系統最常見，臨床上可分4型。
(1)腦膜炎型：最常見，可呈急性，亞急性或慢性過程，表現為腦膜炎的症狀，體徵，起病多較緩，開始可為上呼吸道感染症狀，輕度頭痛，低熱，體溫波動在37.5℃～38℃，以後頭痛逐漸加重，少數也可開始即現劇烈頭痛，高熱，伴噁心，嘔吐，腦膜刺激徵一般較明顯，錐體束徵多較輕且出現較晚。
(2)腦膜腔炎型：除腦膜受累外，尚有腦實質受累，故稱為隱球菌性腦膜腦炎，隱球菌可侵犯大腦，小腦，橋腦或延腦，因腦實質受累部位的不同而有相應的腦灶性損害徵象性癲癇發作等。
(3)肉芽腫型：較少見，是新生隱球菌侵犯腦實質後形成的一種炎症性肉芽腫病變，好發於大腦，小腦和腦幹的脊髓部位，位於腦實質內的肉芽腫，可表現為腦部佔位性病變的症狀體徵。
(4)囊腫型：由隱球菌刺激腦膜形成囊腫所致，蛛網膜可明顯增厚，蛛網膜腔內可形成單個或多個囊腫，囊腫內為無色透明的液體，表現為顱內佔位性病變。
3.肺隱球菌病 肺部是隱球菌侵入的門戶 原發性肺部感染一般症狀較輕，約有1/3病例無症狀，又有自愈傾向，初發常有上呼吸道感染的症狀，繼而表現為支氣管肺炎，可有咳嗽，咳痰，胸部隱痛，痰中可有多量菌體。
4.其他部位的隱球菌病 包括骨和關節以及前列腺，肝，脾，淋巴結等組織器官均可累及，但都較為少見，或常伴發於中樞神經系統隱球菌病及肺隱球菌病。
根據臨床表現，真菌學檢查—般可確診，對於中樞神經系統性隱球菌病，採用膠乳凝集試驗等方法檢查隱球菌多糖抗原對早期診斷有較大參考意義。
