1、抗真菌藥物治療：
根據病變部位和患者的免疫狀態的不同，隱球菌病的抗病原治療有差異。無明顯免疫缺陷的肺隱球菌病患者通常無需抗真菌治療而很快自愈。其他部位的隱球菌病，尤其是中樞神經系統隱球菌病和有免疫缺陷的肺隱球病患者，如艾滋病等，或同時有肺外隱球菌病，以及肺隱球菌病進行性加重時，均應進行抗真菌治療。
2、對症治療
(1)降低顱內壓：常用20%甘露醇，亦可用人體白蛋白、50%葡萄糖加速尿，靜脈用藥。與甘露醇交替應用，可加強降壓效果。對頑固性顱內高壓內科治療無效者，可用腦室引流方法來減壓。
(2)糾正電解質紊亂：中樞神經隱球菌病患者，由於應用兩性黴素B對腎功能的損害，且大量使用脫水利尿藥物，易造成低血鉀症，亦可出現低鈉和低氯血癥，均應及時補充。
3、支持療法
(1)營養支持：中樞神經系統隱球菌病患者體質不佳，很難耐受時間長、毒副作用明顯的抗真菌療法，是導致不能完成療程的重要原因。因此，應盡力保證病人的營養需要。對清醒患者鼓勵其進食高熱量、高蛋白、高維生素食物。不能進食者，經鼻飼或靜脈途徑提供，輔以白蛋白等血製品，以維持體力。
(2)免疫促進劑治療：細胞免疫功能障礙常是新型隱球菌致病的基礎。可選用如腦腺肽(素)、γ-干擾素等細胞免疫促進劑來輔助治療。
4、手術治療：
對侷限性的皮膚、肺、骨隱球菌病及腦隱球菌肉芽腫等，在抗真菌藥物治療的同時，可採用手術切除的方法來清除病灶，達到根治。
