1、藥物治療
(1)阿苯達唑、吡喹酮及甲苯達唑等均有殺滅原頭節及破壞包蟲生髮層的作用，但尚未能達到治癒的目的。所以藥物治療僅作為輔助治療，僅適應手術前後預防種植擴散和復發轉移以及泡球蚴病。尚不能取代手術。
(2)根據囊腫有無繼發細菌感染而採用不同的手術方法。為了預防萬一在手術時囊腫破裂，由於囊液溢入腹腔引起過敏性休克，可在術前靜脈滴注氫化可的松lOOmg。
2、手術治療
是治療肝棘球蚴病最主要的措施和最有效的方法。主要原理是清除內囊，防止囊液外溢，消滅外囊殘腔，預防感染。具體手術方法根據包囊大小，有無膽瘻和感染或鈣化，可以分為以下幾種類型：
(1)內囊摘除術
最常用最基本的手術方法。適用於無感染的包囊。手術時用敷料將周圍妥為保護，並使與腹內臟器及腹腔完全隔開。以長針頭帶三通接頭穿刺包囊，先抽吸出小部分囊液，再注入等量4%或10%甲醛液以殺滅頭節，數分鐘後迅速抽吸囊液，內囊塌陷後即與外囊分離;將外囊切開，摘除內囊及子囊，再以雙氧水塗擦外囊壁。對外囊壁殘腔的處理力求將其縫閉，巨大者亦可填塞大網膜，以防腔內滲液感染。如果此種類型囊腫侷限於肝邊緣部位，亦可考慮施行肝切除術。
(2)內囊摘除並外囊閉式引流術
適用於有感染或有膽瘻的巨大包囊而囊壁不易塌陷者，在內囊摘除後放置閉式引流。
(3)內囊摘除並外囊一空腸“Y”型內引流術
用於與較大膽管相通堅韌不易塌陷閉合的外囊殘腔。吻合口宜寬大並以空腸側面吻合為佳。
(4)袋形縫合術
曾用於合併感染的病例，但術後都形成混合感染、膽瘻，成為經久不愈的複雜的竇道，病人痛苦。現已漸摒棄不用，改為徹底清除腔內的汙物，儘量縮小殘腔後留置閉式引流，配合抗感染治療，使殘腔早日閉合。
(5)肝切除術
用於鈣化的肝包蟲和泡狀棘球蚴病例。對於泡狀棘球蚴病行肝切除則持比較積極的態度，只要其病變比較侷限應力爭切除，包括肝段、葉、半肝或非規則切除。但若病變呈瀰漫分佈或已經侵及肝門應視為肝切除的禁忌證。 (6)囊腫合併膽瘻的處理
可採用直視下囊腔內細針線縫合瘻口加網膜填塞，療效甚佳。近年來運用TH膠塗抹於瘻口縫合處，更起到加固作用。膽瘻處理關鍵是反覆用白紗布蘸拭囊腔，檢查有無膽染，以避免忽略瘻口、修補失敗和遺留其他膽瘻。 (7)囊腫破入腹腔的處理
應在積極搶救過敏性休克的同時儘快剖腹探查。手術關鍵是反覆用10%高滲鹽水沖洗腹腔，力爭徹底清除頭節及子囊，並處理包蟲囊腫。為防止繼發腹腔包蟲囊腫形成，術後必須服用抗包蟲藥物至少3個月。
(8)囊腫破入膽道的處理
囊腫破入膽道者應及時探查膽道，清除內囊碎片及子囊，反覆用高滲鹽水沖洗後置T形管引流，並處理包蟲殘腔並修補膽瘻。
(9)採用腹腔鏡包蟲內囊摘除，是完全可行的。另外，對於晚期肝棘球蚴患者，可採用肝移植。
