以精液異常為首要原因，精子數量往往減少(精子數<2000萬/毫升)，而且精子質量差，活動力低，並有畸形精子出現;其次是性功能障礙及生殖器官疾患等。
1、染色體異常。常見的有男性假兩性畸形、克氏綜合徵和XYY綜合徵。
2、內分泌疾病。內分泌失調不育的原因一：睪丸內分泌異常的病變。原發性睪丸功能低下，從而導致內分泌異常，而以下疾病又很容易引起睪丸功能的低下，比較常見的有細胞毒素損害、營養不良、克萊恩弗爾特綜合徵、放射性損傷等;繼發性睪丸功能低下，如Kallmam氏綜合徵、雄激素受體缺乏所表現的男性假兩性畸形等。內分泌失調不育的原因二：垂體病變。垂體功能亢進，導致垂體分泌的異常。早期可出現性慾增加、體型改變等，繼而便發生性慾減退、精液異常、陽痿等並導致不育。垂體功能低下，如垂體腫瘤、炎症、手術損傷或放療破壞垂體，致使垂體功能低下，也可導致垂體分泌的不正常。出現性慾、性交能力降低，睪丸萎縮，精子生成障礙。垂體腫瘤可使血中催乳素水平升高，干擾LH的分泌而抑制睪丸生精功能及發生陽痿，從而導致男性不育。內分泌失調不育的原因三：腎上腺疾病。腎上腺分泌的紊亂也是導致男性不育的重要原因之一。如阿狄森氏病、女性化腎上腺皮質腫瘤、柯興氏綜合徵、先天性腎上腺增生症、醛固酮增多症等疾病，均可造成男性不育。
3、生殖道感染較為常見。隨著性傳播疾病發病率的提高，生殖道炎症如前列腺炎、附睪炎、睪丸炎、尿道炎的發病率和嚴重程度有所增加，嚴重影響男性的生育能力。
4、輸精管道梗阻。影響精子的輸送。
5、睪丸生精功能異常。①、常見於隱睪，精索靜脈曲張，毒素、磁場、高熱和外傷等理化因素皆可引起睪丸的生精障礙。②、睪丸後天損傷：如疝氣修補術、鞘膜積液手術、睪丸固定手術等損傷了睪丸血管，阻礙血供而使睪丸萎縮。③、鞘膜積液：鞘膜積液壓迫了睪丸血液循環，可導致睪丸感染或萎縮。該病青春期後發病率為16%—19%。
6、精子結構異常和精漿異常。影響精子的運動、獲能和頂體反應等。
7、免疫性不育。男性自身產生的抗精子免疫和女性產生的抗精子同種免疫均可引起男性不育。正常的精子可引起精子自身免疫的因素有：1、睪丸外傷或外科手術;2、睪丸和附屬性腺(特別是前列腺和精囊)的感染;3、輸出管道(如附睪、輸精管)梗阻;4、老年時睪丸退行性變。這引起因素均可引起精子抗體與自身免疫系統接觸，T細胞致敏和產生睪丸炎。對精子抗原的自體免疫或同種免疫，至少有兩種機制引起不育：①、干擾發生過程，引起無精症或少精症;②、通過抗體對精子在正常生育有中的作用產生不育影響。
8、男性性功能障礙。陽痿、早洩、不射精和逆行射精皆可引起男性不育。
9、附屬腺異常引起不育。前列腺疾病、精囊炎、陰囊感染 等皆可引起男性不育。
