根據《世界衛生組織關於不育症夫婦標準化檢測和診斷手冊》及WHO男性不育診斷程序表，男性不育病因診斷可分為16類：
1、性功能障礙
包括陽痿、性交過頻或過少、不射精、早洩(包括因解剖異常，如尿道下裂而使精液不能排入陰道)、逆行射精(精液不排出體外而逆行進入膀胱，這些病人收集性交後的尿液檢查可發現活精子)。
2、根據精子和精漿檢查來確定診斷：
(1)男性免疫性不育：50％活動精子有抗精子抗體包裹，這類病人須做其他輔助檢查。
(2)不明原因不育：性功能正常，精子和精漿檢查正常。
(3)單純精漿異常：這類病人未發現有附屬性腺感染或其他病變，單純精漿異常引起不育的意義尚不清楚。
3、具有肯定病因的男性不育病因分類 具有影響男性生殖的肯定病因而精液檢查又屬無精子症或精子和/或精漿異常者：
(1)醫源性因素：由於藥物或手術等醫療的原因造成精子異常。
(2)全身性原因：具有全身性疾病、酗酒、吸毒、環境因素，近期高熱或纖毛不動綜合徵(精子活力差，伴有慢性上呼吸道疾病等病史)。
(3)先天性異常：包括隱睪，或細胞核型分析異常引起精子異常，以及由於先天性精囊和/或輸精管道發育不全引起的無精子症，以及其他影響生育能力的先天性疾病。
(4)後天性睪丸損害：如腮腺炎引起睪丸炎或其他引起睪丸損害因素造成睪丸萎縮、睪丸體積<15ml，同時出現精子異常者。
(5)精索靜脈曲張，同時伴有精子和/或精漿異常造成不育如有精索靜脈曲張而精液分析正常者則應按不明原因不育分類。
(6)男性附屬性腺感染不育：如果患者有少精子症、弱精子症或畸形精子增多症且具備下列標準時。
具備以上各項檢查，且存在下列任何組合，可診斷為男性附屬性腺感染不育：前列腺炎的病史或體徵;或精液檢查異常的病史或體徵;或前列腺炎表現伴隨射精精液異常;或在每份精液檢查中至少兩種異常。
(7)內分泌原因：可能有性腺功能低下的體徵，血性激素測定FSH正常，而睪酮低或PRL測定反覆增高。這些病例須進一步檢查以明確診斷，如視野、蝶鞍掃描、LHRH、TRH等。
4、其他 沒有查出肯定的病因而僅僅出現精液檢查異常的，如少精子症、弱精子症、畸形精子增多症或無精子症，按下列標準診斷：
(1)特發性少精子症：有精子而精子密度<20×106/ml。
(2)特發性弱精子症：精子密度正常而快速前向運動的精子<25％。
(3)特發性畸形精子症：精子密度和活力正常，但精子頭部正常形態<30％。
(4)梗阻性無精子症：精液檢查無精子，而睪丸活檢證明曲細精管有精子發生，若不做睪丸活檢則可憑睪丸體積正常(總體積≥30ml)而FSH也正常來做出初步診斷。
(5)特發性無精子症：沒有查明原因而精液中無精子，同時伴有睪丸體積縮小(睪丸總體積<30ml)、FSH增高，或做睪丸活檢證實曲細精管無精子發生。
