這些疾病很容易被誤認為 "炎症性腸病"

1.急性感染性腸炎：導致各種細菌感染。常有流行病學特徵（如不潔食物史或接觸疫區），急性發病時常伴有發熱和腹痛，具有自限性（一般為幾天至1周，不超過6周）；抗炎藥物治療有效；糞便檢測病原體可確診。
2.阿米巴腸病：流行病學特徵，果醬樣大便，深部結腸鏡潰瘍，邊緣細微，與外觀正常的粘膜相間；確認取決於在糞便或組織中找到病原體。抗阿米巴病治療對高度疑似病例是有效的。
3.腸道血吸蟲病：有接觸史，常有肝臟腫大和脾臟腫大。診斷取決於糞便檢查血吸蟲卵或孵化中的毛滴蟲的陽性；在急性期，直腸乙狀結腸鏡檢查可發現粘膜黃褐色顆粒，活檢粘膜壓片或組織病理學檢查可發現血吸蟲卵。免疫學檢查可用於鑑別。
4.其他：結核病、真菌性腸炎、抗生素相關性腸炎（包括假膜性腸炎）、缺血性結腸炎、放射性腸炎、嗜酸細胞性腸炎、過敏性紫癜、膠原性結腸炎、白斑病、結腸息肉病、結腸憩室炎以及人類免疫缺陷病毒（HIV）感染合併結腸病變，應與本病鑑別。.
還要注意的是，在結腸鏡檢查中發現的直腸輕度炎症改變，不符合UC的其他診斷要點，往往是非特異性的，應仔細尋找病因，觀察病情變化。