焦慮障礙患者常常表現為各種精神性焦慮症狀或軀體性焦慮症狀(心血管系統、呼吸系統、自主神經系統等)，並與多種軀體疾病共患，常就診於綜合醫院。而且各種軀體疾病患者，有很高的風險繼發焦慮譜系障礙。因此對於綜合醫院焦慮障礙患者的治療，治療目標、原則和策略需要按照焦慮障礙防治指南的推薦和建議。
輕度焦慮障礙患者可以選擇心理治療，中重度焦慮障礙患者，則需要考慮藥物治療或者藥物治療聯合心理治療。但是在綜合醫院的焦慮障礙患者其藥物治療，還需要考慮到患者共患的軀體疾病、服用的治療藥物，以及患者個體化特徵(如年齡、軀體狀況等)對焦慮障礙疾病以及抗焦慮藥物療效的影響。
綜合醫院焦慮障礙患者的藥物治療，同樣需要儘早開始治療，治療的主要目標是減輕焦慮的症狀，減少殘疾和痛苦，並且對軀體疾病的治療有幫助，能夠改善患者健康相關的生活質量。
一些神經生物學、神經發育和社會心理因素影響著焦慮障礙的發生發展，因此選擇治療藥物前，評估患者軀體狀況、個性特徵、負性生活事件以及所接受的治療藥物，儘可能首選最佳療效和最少不良反應的治療，治療前需要評估患者是否願意接受其他藥物治療(如心理治療)。
其次重要的是在處方治療藥物前，醫生應該注意治療焦慮的藥物可能和這些治療軀體疾病的藥物間的相互作用(包括藥代動力學過程和藥效動力學過程相互作用)。此外，一些心理治療有助於改善焦慮障礙患者的症狀，如認知行為治療技術也可以改善軀體疾病患者的負性知覺，以及這些負性知覺對患者造成的影響，因為這些負性知覺常常會使焦慮障礙惡化。
在評估基礎上，聯合適當的心理治療策略，可以顯著改善患者的預後。此外，在綜合醫院治療焦慮障礙患者，某些情況下，需要轉診患者到精神專科醫院尋求專業的幫助。
焦慮障礙也是老年個體中常見的精神障礙，老年焦慮障礙患者，因為其特殊的軀體狀況，接受抗焦慮藥物治療也具有一定的特殊性，治療中有相應的注意事項。
