當潰瘍穿透漿膜層併到達遊離腹腔時，可發生急性穿孔；如果潰瘍穿透並粘附在鄰近器官和組織上，稱為穿透性潰瘍或潰瘍慢性穿孔，當後壁穿孔或穿孔較小，僅引起侷限性腹膜炎時，稱為亞急性穿孔。
在急性穿孔中，由於十二指腸或胃的內容物流入腹腔，導致急性瀰漫性腹膜炎，突然出現劇烈腹痛，常從右上腹或中上腹開始，持續並較快地擴散到臍部和全腹，由於胃腸滲漏對膈肌的刺激，疼痛可放射到一側肩膀（主要是右側）。
如果漏出的內容物沿腸繫膜根部流入右下腹腔，可引起右下腹疼痛，類似急性闌尾炎穿孔，翻身、咳嗽等動作可使腹痛加劇，因此病人常臥床不起，雙腿蜷縮，不願活動。腹痛常伴有噁心、嘔吐，病人煩躁不安，面色蒼白，四肢溼冷，心動過速，如果穿孔發生在飽餐之後，胃內容物漏出較多 病人腹肌高度強直，全腹壓痛、反跳痛。如果漏出量少，腹肌強直，壓力和反跳痛可侷限於中上腹附近，腸鳴音減弱或消失，肝濁音減弱或消失，說明存在氣腹，如胃腸內容物流入盆腔。
直腸觸診可發現右直腸凹陷處有壓痛，外周血白細胞計數和中性粒細胞增多。腹部放射線檢查多能發現膈下游離氣體，可以證實胃腸道穿孔的存在；但是，沒有膈下游離氣體也不能排除穿孔的存在。
亞急性或慢性穿孔沒有急性穿孔那麼嚴重，可能只引起有限的腹膜炎、腸粘連或腸梗阻的跡象，並在短時間內看到改善。
