貧血
貧血是小兒消化性潰瘍常見的併發症之一，由於患兒長期食慾不振，影響到消化和吸收，再加上炎症的消耗，潰瘍引起的急性或慢性失血很容易引起患兒貧血。小兒消化性潰瘍引起的貧血多屬於營養性小細胞性貧血，又稱缺鐵性貧血，這些小兒體質虛弱，易併發各種感染。
幽門梗阻
幽門梗阻多見於年長患兒，當胃潰瘍發生在靠近胃幽門部位時，由於炎症的長期刺激，幽門括約肌發生痙攣，或潰瘍周圍發生炎性水腫，妨礙了食物通過幽門，可發生暫時性幽門梗阻;如潰瘍反覆發作和癒合，久而久之形成疤痕，與周圍組織粘連而引起持續性幽門梗阻。
胃穿孔
嚴重的胃和十二指腸潰瘍可穿透胃壁或十二指腸發生穿孔，導致胃或十二指腸內內容物，如胃酸、食物、細菌、空氣等流入腹腔引起瀰漫性腹膜炎。這種患兒表現為極度煩躁不安，面色蒼白，劇烈腹痛，甚至可發生休克。
胃出血
當潰瘍侵襲到胃壁或十二指腸壁的血管時可引起血管破裂出血，出血量少時，僅表現為大便潛血陽性。如果潰瘍破壞了大血管，患者會表現為嘔血或黑便。由於胃酸的作用，嘔出的血量多，立即嘔出可呈鮮紅色，繼而排出柏油樣便，嚴重者可導致出血性休克
