抗病毒是慢乙肝治療的重要突破在中華醫學會2006版《慢性乙型肝炎防治指南》中指出的慢乙肝治療的總體目標是：“最大限度地長期抑制或者消除HBV，減輕肝細胞炎症壞死及肝纖維化，延緩和阻止疾病進展，減少和防止肝臟失代償、肝硬化、肝細胞癌及其併發症的發生，從而改善生活質量和延長生活時間。”指南制定的總體目標是十分切合實際的科學的提法，因為迄今為止HBV抗病毒治療能夠在一定程度上抑制病毒複製，促使肝病緩解。指南發佈之後，包括筆者所在單位的醫生認真學習，根據指南意見積極對慢乙肝患者進行抗病毒治療，取得了可喜的結果。但是公認的有效藥物諸如干擾素和各種核苷（酸）類似物，在臨床實踐中並未能象人們厚望的那樣能夠解決所有問題。HBeAg甚至HBsAg血清轉換不等於治癒乙型肝炎，急性乙型肝炎恢復期HBsAg轉陰者中，有55％左右的患者血清中長期存在HBVDNA，有報告急性肝炎後30年肝內仍有病毒基因組。HBsAg陽性慢性肝炎自發性或經抗病毒治療HBsAg陰轉的患者中，28％～94％血清和肝內存在HBVDNA，此種情況不僅見於慢性肝病患者，也見於無肝損害證據的獻血者，此種HBsAg陰性血清具有感染性，可引起輸血後肝炎和母嬰傳播，肝硬化患者接受肝移植後可再感染，感染者器官供體可引起受體感染，輸入黑猩猩可引起肝炎。HBsAg已陰轉而HBVDNA仍呈陽性的原因包括：病毒變異；病毒整合後表面基因重排或病毒表達蛋白的抗原性改變；HBsAg檢測技術不夠靈敏；抗原隱藏於HBsAg複合物中；病毒整合入肝組織中；外源性因素如酒精、合併丙型肝炎病毒感染等，干擾HBV抗原的表達。
原有肝硬化的病人治療後儘管出現生化學和病毒學應答，仍可併發門脈高壓等併發症。有學者發現在對照組與干擾素治療組之間，或HBeAg陰轉或未陰轉之間，肝硬化併發症的發生率無差異。即使在HBsAg-HBsAb血清轉換者，如果因化療或器官移植引起免疫抑制，HBV可再激活，肝外組織（淋巴結）和肝細胞外（膽管細胞）儲池內HBV仍存在。
抗HBV治療的效果尚不滿意，不能徹底清除病毒，原因主要包括：
病毒因素：HBV在血清中的半衰期約24小時，每天從肝中釋放的病毒約1千億，HBV感染肝細胞的半衰期為10～100天。HBVDNA在複製過程中，以cccDNA作為複製的原始模板，而cccDNA半衰期長，不易自然降解，目前的抗病毒藥物對cccDNA均無作用。而一旦停藥後，cccDNA可以作為HBV複製模板，重新轉錄複製，成為復發的重要原因。在藥物壓力下，肝炎病毒如HBV、HCV等均易發生變異，變異病毒常對抗病毒藥發生耐藥或療效不好，如HBV前C區和C區啟動子變異株感染，干擾素治療效果差。拉米夫定治療後的YMDD變異株感染，可發生耐藥等。除了肝臟實質細胞之外，HBV還在其它組織如膽管、胰腺、淋巴細胞等處複製，而目前的抗病毒治療對這些部位的HBV無作用；HBV增殖不斷利用其結構蛋白質和非結構蛋白質，可逃避人體免疫性干預；HBV在宿主染色體外形成穩定的轉錄模板，可以適應微環境的細微變化而調節其轉錄水平。大多數患者在HBsAg清除前往往已有數十年慢性HBV感染史，此種感染引起的肝慢性損害或病毒在肝組織內整合，可能是導致肝硬化和肝癌的主要機制，這些併發症的發生可能與HBVDNA本身無關或很少相關。
宿主因素：患者存在不同程度的免疫耐受，這一群體是指丙氨酸轉氨酶正常、HBeAg高滴度，HBVDNA>105拷貝/ml以及肝組織學上有輕度炎症改變的乙型肝炎患者。HBV不能被免疫清除，或藥物療效不佳有利於病毒長期在體內存留及複製。對慢性乙型肝炎遺傳學的研究表明，可能存在易感性相關的基因和干擾素信號傳導系統的缺陷和表達差異。由於產生慢性乙型肝炎免疫耐受的機制尚不清楚，免疫耐受的程度個體差異很大，目前尚無針對免疫耐受的有效的特異性免疫治療。HBVDNA可與宿主細胞染色體DNA整合，整合後的HBVDNA不易被抗病毒藥清除。我國乙肝病例多來自於母嬰垂直傳播，乙肝患者在年幼時（有些是宮內感染）即已感染上了HBV，感染病毒成為慢性病毒攜帶者，往往是由於基因和種族特點所決定的，基因和種族特點決定乙肝的易感性，也決定了乙肝的長期性，幼小時感染HBV，機體免疫系統發育不健全，無法識別病毒，HBV逐漸和肝細胞發生整合，機體高度的免疫耐受狀態以及HBV脫氧核糖核酸和肝細胞發生的多處基因整合，決定了乙肝治療的困難性和艱鉅性。
對轉氨酶正常的慢乙肝，目前尚無有效的抗病毒治療方法。
無論是α干擾素抑或各種核苷類似物，均將轉氨酶升高作為治療的指徵，而對於血清轉氨酶正常的無症狀“攜帶者”，現有的抗病毒治療無明顯效果，因此一般不將其作為抗病毒治療對象。但是轉氨酶正常不一定代表肝臟組織結構正常，這些病例發生肝硬化和肝癌者不為罕見，已發生肝硬化和肝細胞癌者在病史中不一定有轉氨酶升高。目前認為乙肝抗病毒治療的最佳時機是肝臟炎症出現，轉氨酶水平升高之時，可是對於眾多乙肝現症感染的患者來說，符合這種情況的人很少。抗病毒治療的禁忌症較多，許多患者並不能夠耐受。
在抗病毒基礎上，重視抗肝纖維化治療肝纖維化是包括慢乙肝在內的各種慢性肝病發展的共同途徑。
也是進一步向不可逆轉肝硬化發展的必經之路。慢乙肝的發展過程與纖維結締組織的增生有密切關係，隨著疾病進展，肝內ECM進行性增加，膠原組織大量形成，向肝小葉內伸展，侵入肝實質，在匯管區靠攏，形成纖維間隔，肝血循環被破壞，肝細胞變性壞死，再生肝結節形成，達到肝硬化程度，因此阻斷肝纖維化的形成和發展，也是防止病變向肝硬化發展的必然環節。肝星狀細胞（hepatic stellate cells，HSC）活化是肝纖維化的核心事件，HSC活化存在兩條途徑：一是由病因刺激損傷的肝細胞、Kupffer細胞和內皮細胞等合成分泌一系列細胞因子，激活HSC合成細胞外基質成分（extra cellular matrix，ECM），這稱為“旁分泌途徑”；二是HSC活化後合成各種細胞因子，自我進一步激活，這被稱為“自分泌途徑”，而自分泌途徑一旦開放，即使沒有病因的進一步刺激，肝纖維化仍然能夠主動進展。因此病因治療與原發病治療並不能夠完全替代抗肝纖維化治療。
現代肝臟病學的奠基人、已故肝病學權威Hans Popper教授曾明確指出：“誰能阻止或延緩肝纖維化，誰將能醫治大多數慢性肝病。”對肝纖維化基本機理深入瞭解，使有效抗肝纖維化治療實際可行。HSC活化的發現提供了1種重要的網絡以確定抗肝纖維化療法的作用點。
這些療法包括：
1、治療原發病以預防損傷；
2、減輕炎症或宿主的反應以避免刺激肝星狀細胞活化；
3、直接下調星狀細胞的活化；
4、抵消星狀細胞的增殖、形成纖維、收縮和/或對炎症的反應；
5、刺激星狀細胞的凋亡；
6、由刺激細胞產生金屬基質蛋白酶、下調金屬基質蛋白酶抑制物或直接給予金屬基質蛋白酶以增加細胞外基質的降解。肝纖維化的逆轉過程涉及到ECM的主要成分膠原的降解與重塑，最終恢復到正常的肝臟結構。在這一過程中最核心的問題是過多的、活化HSC數量顯著減少或消除。活化HSC的凋亡是肝纖維化得以逆轉的中心環節，而現有的HBV抗病毒藥物均無此藥理作用。
逆轉肝纖維化成功的標誌是：
有效控制了炎症反應，抑制介質對肝星狀細胞的活化；調控肝星狀細胞，減少細胞外基質的基因轉錄；提高肝組織膠原酶活性及水平，促進膠原組織的溶解和吸收。完成以上各項治療目標，是一個相當漫長的過程，這就註定了抗肝纖維化治療不可能一蹴而就。抗病毒治療與抗肝纖維化治療二者之間不能夠互相替代，而是相輔相成、互相促進的。抗肝纖維化治療能夠和抗病毒治療起著協同作用，兩者相得益彰，既有利於病毒的抑制與清除，也有利於肝組織病理損傷的改善與修復，延緩或者阻止肝硬化的形成。
