兒童急性腎盂腎炎的治療與成人相似，無藥敏結果時予以廣譜抗生素，取得藥敏結果後，根據藥敏選用毒性最小的窄譜抗生素。胃腸外給藥至體溫正常後 24～48h，再口服用藥1～3個月，療程完成後1周內複查尿培養，第2年還應經常複查。兒童急性UTI，儘管短程療法有效，但仍宜用7～14天的傳統療程。青春期女孩子可能是個例外，因其對短程療法的合作性增加了，喹諾酮類可影響軟骨的發育，故禁用。
兒童複發性UTI，尤其是在腎內有瘢痕存在或可見的VUR時，可選用以下藥物長期預防：磺胺甲?唑/甲氧苄啶SMZ-TMP每次2mg/kg或複方TMP 2次/d，其中含磺胺甲?唑SMZ每次10mg/kg、呋喃妥因2mg/kg?d單劑量或扁桃酸烏洛托品50mg/kg?d，分3次。
磺胺耐藥，療效不佳，磺胺甲?唑/甲氧苄啶SMZ-TMP和結晶呋喃妥因療效尤佳。就保護腎功能而言，VUR的藥物治療和外科治療相比，未發現外科治療有明顯的優勢，儘管外科技術日益完善，但仍有瘢痕增大，腎臟腫大。因此，現主張延長抗菌療程，密切觀察，儘量防止瘢痕增大。外科治療僅限於經2～4年的藥物治療失敗的兒童。
尿路感染的治療雖然以上給出了疾病的相關的知識，但是尿路感染這種疾病來說還需要我們知道的就是需要使用抗生素的時候還需要注意的就是應該在使用一段時間之後應該檢查治療的結果，這就需要我們跟尿路感染的患者最好檢查的溝通。
