應該在抗生素治療前留取尿液標本做尿液分析和尿培養。對於有UTI跡象的發熱兒童，應該儘早開始抗生素治療，以根除感染、預防菌血症、改善臨床結果、減少急性期腎損害的可能性和腎瘢痕的風險。如若患兒有發熱性UTI卻沒有以前的正常US檢查，應根據臨床情況在24小時內進行泌尿系統US檢查以排除梗阻性腎病。
無症狀細菌尿
如ABU不伴有白細胞尿，應該避免抗生素治療，除非UTI引起了併發症或是患者打算手術治療。瑞典的一項篩查研究通過SPA檢測發現，0.9％<1歲的男孩和2.5％的女孩患有ABU。在接近檢測的時間裡，這些嬰兒中各有一名男嬰和女嬰出現了腎盂腎炎症狀;而其他人仍然沒有症狀。女孩和男孩細菌尿持續的平均時間分別是2個月和1.5個月。因此，無論採用何種方法收集尿液，都不建議為了治療對ABU進行篩查。
3月齡兒童的膀胱炎
儘管對於這些兒童＞1-2天的治療似乎存在優勢，但是這種情況下關於抗生素療程的數據是有爭議的。因此，對於非複雜性膀胱炎患者，口服治療至少需要3-4天。
發熱兒童：給藥途徑
當選擇口服或腸外治療時，需要考慮這些因素：患者年齡；臨床可疑的尿膿毒症；病情嚴重性；拒絕液體、食物、和/或口服給藥；嘔吐；腹瀉；不依從性；以及複雜的發熱性 UTI（例如上尿路擴張）。新生兒和＜2個月齡嬰兒的尿膿毒症和嚴重腎盂腎炎發生率增加，因此推薦進行腸外抗生素治療。
這樣的病例可能發生嚴重的電解質失調。而這種威脅生命的低鈉血癥和高鉀血癥是源於假醛固酮減少症。聯合氨苄青黴素和氨基糖苷類（例如妥布黴素或慶大黴素）或一種三代頭孢菌素治療都可以獲得非常好的療效。每日單劑量的氨基糖苷類與一日兩次的同樣安全、有效。
各國尿路致病性大腸桿菌的抗生素耐藥發生率明顯不同，其中伊朗和越南耐藥率高。即將到來的一項研究報告了由產超廣譜β- 內酰胺酶（ESBL）大腸桿菌引起的兒童 UTI。一項土耳其研究顯示，49％＜1 歲和 38％＞1 歲的兒童攜帶有產ESBL細菌。其中，83％ 對甲氧苄啶 / 磺胺甲惡唑耐藥，18％ 對呋喃妥因耐藥，47％ 對喹諾酮類耐藥，而 40％ 對氨基糖苷類耐藥。幸運的是，對於兒童似乎這些結果與非產 ESBL 細菌是相似的。然而，一項研究卻認為最初經驗性的靜脈抗生素治療是不合適的。藥物的選擇還要基於局部抗菌素的敏感性類型，並且後來還要根據孤立的尿路病原體敏感性檢測再做調整。不是所有現有的抗生素都得到國家衛生部門批准用於治療兒童人群，尤其是嬰兒。
發熱性尿路感染的療程
腸外用藥的療程仍然存在爭議。指南專家組的共識以及AAP的建議是這樣的：腸外抗生素治療應該一直用到患兒沒有發熱的時候，此後應該繼續口服抗生素治療7-14天。
如果在嬰兒後選擇門診治療，需確保充分的監測和醫療監督，必要時調整治療。在治療的初期，醫生應與患兒家屬保持密切聯繫。
對於大腸桿菌以外的尿路病原體引起的複雜性 UTI，推薦運用腸外廣譜抗生素治療。對於梗阻性腎病，需要根據臨床狀態和/或對抗生素治療的反應進行暫時的尿流改道。
