一、病理類型
不同類型的甲狀腺癌，其預後差別很大。分化良好的甲狀腺癌尤其是乳頭狀腺癌，治療合理及時，生存期和正常人相差無幾，而高度惡性的未分化癌，預後極差，往往在半年內死亡。
二、病變的發展程度
病變的發展程度如腫瘤是否侷限在腺葉內，有無大血管的侵犯，是否有淋巴結轉移、遠位轉移等對預後都有影響。據Blake Cady的分化型甲狀腺癌的資料分析中，甲狀腺外侵犯後，將意味著很高的復發和死亡率，而隱匿癌患者死亡率極低。一般來說小於50px的腫物，其復發和死亡率較低；多髮結節的癌瘤較單髮結節癌瘤其復發、死亡率稍高；無轉移的乳頭狀腺癌，可長期帶瘤生存，術後壽限幾乎可以和正常人相同；有淋巴結轉移比同類無淋巴結轉移者，生存率可降低7％～19％。
三、年齡、性別對預後的影響
性別以及年齡的不同，其預後也有明顯的差別。一般女性較男性預後好；年齡在男性大於40歲，女性大於50歲預後差。
1、AMES多因素系統危險組分類：Blake Cady用多元迴歸方法分析了影響乳頭狀腺癌療效的各種因素，並證明了在預測病死率方面有4個因素是很重要的，即患者的年齡，遠位轉移、癌灶病變程度和腫物的大小。基於以上因素設計成了AMES分數系統，它可將患者分成各種預後不同的風險組。
（1）低危組：沒有遠位轉移的年輕患者；男性小於40歲，女性小於50歲；所有老年患者有以下條件：腺內型乳頭狀腺癌或微小血管侵犯的濾泡狀腺癌或原發癌直徑小於125px無遠位轉移。
（2）高危組：所有的有遠位轉移的患者；所有的濾泡狀腺癌累及大血管的年輕患者；所有的老年患者並有以下條件：腺外型乳頭狀腺癌或累及大血管的濾泡狀腺癌或原發癌直徑為125px或大於125px而不論病變的程度。
2、AGES評判模式：4個因素對預後有顯著影響：年齡、腫瘤組織分級、腫瘤侵犯範圍和腫瘤大小。
預後評分=年齡×0.05＋腫瘤組織分級＋腫瘤侵犯範圍 腫瘤直徑×0.2
年齡：40歲以下者年齡項為0；
腫瘤組織分級：高或中度分化癌，為“1”，低度分化癌，為“2”；
腫瘤侵犯範圍：腫瘤侷限於甲狀腺體內為“0”，腫瘤已超出甲狀腺為“1”，有遠處轉移為“3”；
腫瘤大小：腫瘤直徑(cm)。
例如：50歲患者中度分化乳頭狀腺癌直徑100px，已有遠處轉移時的預後評分為50×0.05＋1＋3＋0.8=7.3。
早期徹底的甲狀腺癌手術預後較好；術後配合內分泌治療者預後更好。單純腫塊摘除者，預後最差。而無原則地擴大手術範圍，往往增加即期死亡率和病殘率。延遲手術時間(從病理檢查確診至手術治療為止)越長，預後越差。故一旦針吸活檢或其他組織學診斷確定後，應儘快手術，以提高生存率。
