(1)胎兒結構是一個逐漸形成和動態發育的過程，胎兒畸形也有一個發展過程，有時在正常和異常之間沒有一個絕對明確的界限，畸形沒有發展到一定程度時有可能不能被超聲所顯示。如骨發育不良在孕中期無法及時發現。有些一過性異常如腦室擴張、脈絡膜囊腫在隨訪過程中可消失。另一些疾病如小型腦膨出等可以不定時出現，在超聲檢查時可時有時無。還有一些遲發性疾病如宮內感染所致的腦液化往往在妊娠晚期才表現出來。
(2)由於胎兒本身的生理特點，某些疾病的診斷十分困難。比如複雜心臟畸形由於診斷困難，可能導致胎兒期漏診或誤診。另外一些細小的畸形或異常，因檢查困難尚不能列入篩查範圍，如耳廓畸形、手掌腳掌及指趾畸形、隱形脊柱裂等等。另外宮內胎兒雙手經常呈握拳狀，腳底也經常緊貼宮壁，所以目前無法觀察到手指及腳趾的畸形。 (3)很多畸形臨床表現變異很大。如先天性腦積水、腎積水等，胎兒期僅有輕度表現，出生後可能表現為嚴重的疾病，也可能逐漸好轉。
(4)約60%的染色體疾病沒有超聲表現，因此大部分染色體疾病不能通過超聲發現，更不能通過超聲診斷，需要進行血清學或羊水穿刺染色體檢查。
