系統性紅斑狼瘡的患者妊娠可能會遇到許多問題，包括病情的加重，流產，新生兒狼瘡和哺乳等。
以往的經驗顯示，超過50%的狼瘡患者在妊娠期間會出現病情加重。其發生率在妊娠中的三個時期都很接近，但在中期偏多。然而，最近的30年內，尤其是妊娠早期疾病緩解的患者，在妊娠期間和產後病情加重的發生率正呈進行性減少，與非妊娠患者病情加重的發生率相似。這一改善可能是因為施與了比較積極的治療(如激素用量的增加)以及在病情加重的患者及時終止了妊娠。
國外的研究總結了狼瘡加重的典型症狀最常表現為全身症狀，腎臟病變或皮膚關節受累。妊娠前有高血壓、氮質血癥以及狼瘡活動性病變是妊娠期間狼瘡病情加重的危險因素。
在妊娠期間出現臟器受損的患者應加強病情的監測，因為妊娠增加了原本功能不全臟器的負擔，這一情況在有腎炎的患者中尤其重要。在不同的病情活動階段，狼瘡病情加重(或出現持續性症狀)的頻率不同，對疾病已緩解至少六個月的患者來說，病情加重的發生率從7%～33%不等，而對妊娠時有活動性病變來說，病情加重的發生率從61～67%。因此，應鼓勵狼瘡腎炎的婦女將其妊娠推遲到活動性病變穩定至少六個月以後。
流產是SLE患者遇到的另一重要問題。將近20-30%的SLE患者妊娠會發生流產，其總體發生率可能達到50%，遠高於普通人群。在一項對203例狼瘡患者的481次妊娠進行的回顧性對比研究中發現，在妊娠的狼瘡患者中，自然流產，妊娠失敗或死胎的發生率(21%)高於她們的朋友(14%)或親戚(8%)。在有高血壓、狼瘡腎炎、低補體血癥以及抗DNA抗體滴度增高或抗心磷脂抗體陽性的婦女中，流產的危險性增加。
儘管出現抗磷脂抗體並非必然預示流產，但是，有SLE和抗磷脂抗體陽性的患者自然流產的危險性明顯增加。有一項綜述複習了10項研究的554例狼瘡婦女，發現抗磷脂抗體陽性(和沒有該抗體的患者相比為38-59%對16-20%)、狼瘡抗凝物(36%對13%)或抗心脂抗體陽性(39%對18%)的患者出現流產的機會明顯增多。而且流產主要發生在妊娠中期。通過相應的預防措施，這些患者流產的危險性是可以降低的，因此，所有患SLE的妊娠婦女都應該做抗磷脂抗體的檢查。
