中樞神經系統感染性疾病，常見的有腦膜炎、腦炎、腦膿腫、腦蛛網膜炎等。這些疾病在發病的過程中，都有非常突出的頭痛症。
其中流行性腦膜炎、結核性腦膜炎、病毒性腦膜炎所引起的頭痛，頭痛劇烈，伴有噁心、嘔吐，頸部抵抗，病人可出現高熱、抽搐、昏迷，好發於兒童。急性發作頭痛時中醫治療應清熱解毒，藥用：銀花20克，連翹20克，大青葉20克，南沙參15克，白花蛇舌草30克，柴胡6克，生地15克，鮮蘆根24克，魚腥草30克，黃芩10克，紅棗5枚。
針灸：穴取百會、太陽、風池，配合合谷、內關，手法中刺激，留針30分鐘。
如果腦炎後遺頭痛伴有輕度抽搐、手足不遂的患者，可用滋陰解毒法，藥用生地15克，竹葉10克，生石膏20克，黃芩10克，麥冬12克，川芎10克，白蒺藜12克，鉤藤12克，赤芍10克，生甘草6克。
