醬油的主要原料是大豆，大豆及其製品因富含硒等礦物質而有防癌的效果。但值得注意的是，醬油在生產、貯存、運輸、銷售的過程中，常因衛生條件不良而受汙染，甚至帶有引發腸道傳染病的致病菌，散裝醬油的問題會更明顯。
傷寒桿菌可以在醬油中存活兩天，嗜鹽菌可以在醬油中長期生存。在混濁、有沉澱、有雜質的醬油中，細菌數會高於標準百倍以上，這樣的醬油如果不加熱消毒就直接食用，就有可能致病。
另外，研究人員還從醬油中發現過致癌物質。臺灣的流行病學專家調查發現，醬油的消耗量與肝癌直接相關。這是因為醬油在發酵的過程中，蛋白質腐敗分解，產生大量的胺類物質，在亞硝酸存在的情況下，會合成致癌性的亞硝胺。
而一些生產工藝差的廠家所生產的醬油極易受到黴菌的汙染。因此，從預防疾病的角度來說，除了購買質量信得過的瓶裝醬油、不買散裝醬油外，還應注意吃醬油儘量熟吃，不生吃。
