按解剖學分類，肺炎可分為大葉性、小葉性和間質性。為便於治療，現多按病因分類，主要有感染性、理化性(如放射線、毒氣、藥物)以及變態反應性(如過敏性肺炎等)，臨床所見絕大多數為細菌、病毒、衣原體、支原體、立克次體、真菌和寄生蟲等引起的感染性肺炎，其中以細菌最為常見。
肺炎的病原體因宿主年齡、伴隨疾病與免疫功能狀態、獲得方式(社區獲得性肺炎或醫院內肺炎)而有較大差異。社區獲得性肺炎的常見病原體為肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌、金黃色葡萄球菌、化膿性鏈球菌、軍團菌、厭氧菌以及病毒、支原體和衣原體等，而醫院內肺炎中則以綠膿桿菌與其他假單胞菌、肺炎桿菌、大腸桿菌、陰溝與產生腸桿菌、變形桿菌、耐甲氧西林金葡菌(MRSA)和真菌等常見。吸入性肺炎大多數為厭氧菌感染。
