對於正常鼓膜患者，咽鼓管是中耳與外界環境溝通的惟一管道。咽鼓管阻塞是造成分泌性中耳炎的重要原因。正常情況下，中耳內、外的氣壓基本相等。當咽鼓管由於各種原因出現通氣功能障礙時，中耳的氣體被黏膜吸收，中耳出現負壓從而導致中耳黏膜的靜脈擴張，通透性增加，血清漏出聚積於中耳，從而形成中耳積液。咽鼓管通氣功能障礙又分為機械性功能障礙和功能性功能障礙兩種。
1.機械性阻塞
鼻咽部各種良性或惡性佔位性病變(如：腺樣體肥大、鼻咽癌、鼻咽纖維血管瘤等)，鼻腔和鼻竇疾病(如：慢性鼻竇炎、巨大鼻息肉、肥厚性鼻炎、鼻中隔偏曲等)，長期的鼻咽腔填塞，咽鼓管咽口粘連，代謝障礙性疾病(如：甲狀腺功能減通等)，以及很少見的鼻咽白喉、結核、梅毒和艾滋病等特殊感染均可因直接壓迫、堵塞咽口或影響淋巴迴流，造成咽鼓管管腔黏膜腫脹等從而引起本病。
2.功能性通氣功能障礙
小兒的顎帆張肌、顎帆提肌和咽鼓管嚥肌等肌肉薄弱，收縮無力，加之咽鼓管軟骨發育不夠成熟，彈性較差，當咽鼓管處於負壓狀態時，軟骨段的管壁甚易發生塌陷，導致中耳負壓。細菌病毒感染、放射性損傷、先天性呼吸道黏膜纖毛運動不良、原發性纖毛運動障礙等原因，引起咽鼓管表面活性物質減少，從而致咽鼓管開放阻力加大，也被認為是分泌性耳炎的原因之一。此外Ⅰ、Ⅲ型變態反應均可能引起分泌性中耳炎，可能與過敏引起的咽鼓管黏膜水腫，管腔閉塞有關。
嬰幼兒易患分泌性中耳炎與嬰幼兒特殊的解剖結構有關。新生兒的咽鼓管短、寬而平直，鼻咽部的分泌物易經咽鼓管進入中耳引起炎症。分娩時難產、臀位、室息時作過人工呼吸的新生兒，羊水常易進入中耳內。母體患妊娠中毒症、先兆子癇或產前出血者，羊水也易進入中耳發生感染引起中耳炎。新生兒哺乳不當容易逆乳，特別是取平仰臥位用奶瓶人工哺養者，逆乳時乳汁瀦積於鼻咽腔，經咽鼓管進入中耳引起中耳炎。
