患有子宮內膜異位症，超聲檢查發現卵巢上有巧克力囊腫，很多患者問是否可以觀察，或用藥物治療，或用抽吸法取出腹腔積液。目前協和醫院和國際上的共識是，如果子宮內膜異位症從未接受過治療，從未進行過手術，腹腔積液超過4釐米，或有嚴重痛經，或有 證據表明生育能力受損的患者，卵巢巧克力囊腫的首選治療方法仍然是手術，理由如下：
1.一旦子宮內膜異位症形成一定大小的囊腫，即巧克力囊腫，藥物治療並不敏感，臨床上很難，甚至不可能用藥物消除囊腫。如果看到廣告或信息說有偏方、草藥或甚麼藥物灌腸可以承諾消除巧克力囊腫，一定要注意甄別，但確實有患者說，我的囊腫很小，吃了神醫開的藥就消失了，那麼可以大致判斷，這個囊腫很可能不是巧克力囊腫，而是生理性囊腫，這在成年女性中很常見，一般來說，不需要任何治療，3---。
2.有的患者害怕手術，拒絕手術，不知不覺中囊腫可能 "養 "得很大，粗大的囊腫不積極治療，極易發生在月經期前後自發破裂，類似急腹症，迫使患者緊急就醫。個別醫院對這種新型急腹症的治療缺乏經驗，對這種新型急腹症認識不足，通常為患者實施剖腹手術，而此時的囊腫多伴有嚴重的炎症反應，手術時不易將囊腫剝離乾淨，甚至導致一側卵巢完全切除，患者的損失比較大。
3、醫生給出的巧克力囊腫的診斷只是一個粗略的診斷，並不是每個患者肚子裡的囊腫都是巧克力囊腫，它很可能是性質更惡劣的腫瘤，或者對身體危害更大，更影響身體健康的腫瘤，手術時，要能切除腫瘤，進行病理檢查，這才是確認腫瘤性質的唯一金標準。
4.腹腔鏡與卵巢子宮內膜癌、透明細胞癌關係密切，腹腔鏡惡變率約為1%，手術可以排除腹腔鏡惡變，或避免夜長夢多，避免病程長，囊腫性質的改變。
5.手術可以更徹底地切除盆腔包塊，緩解痛經，提高患者的生活質量。
6.對於有不孕問題的患者，術後可提高懷孕率，多數患者術後半年可自然懷孕。
對於術後復發的腹腔疾病，如果患者對再次手術有顧慮，可以考慮在超聲引導下抽出腹腔積液，同時用藥物治療子宮內膜異位症，以減少復發，但腹腔惡性腫瘤基本例外。
