芒種時節雨量充沛，氣溫顯著升高。常見的天氣災害有龍捲風、冰雹、大風、暴雨、乾旱等。雨水芒種時節沿江多雨，黃淮平原也即將進入雨季。華南東南季風雨帶
芒種忙種穩定，是一年中降水量最多的時節。長江中下游地區先後進入梅雨季節，雨日多，雨量大，日照少，有時還伴有低溫。西南地區從6月份也開始進入了一年中的多雨季節。此時，西南西部的高原地區冰雹天氣開始增多。芒種後，中國華南東南季風雨帶穩定，是一年中降水量最多的時節，長江中下游地區先後進入梅雨季節，雨日多，雨量大，日照少，有時還伴有低溫。宋人范成大的《芒種後積雨驟冷》詩：“梅霖傾瀉九河翻，百瀆交流海面寬。良苦吳農田下溼，年年披絮播秧寒。”繪出了陰雨連綿不止，河滿溝平，農夫冒著寒冷身披棉絮播秧忙的畫面。氣溫
在此期間，除了青藏高原和黑龍江最北部的一些地區，還沒有真正進入夏季以外，大部分地區的人們，一般來說都能夠體驗到夏天的炎熱。位於黑龍江北部的嫩江，在1971～2000年30年間，最熱的一天37.1℃，就出現在芒種期間。
6月份，無論是南方還是北方，都有出現35℃以上高溫天氣的可能。黃淮地區、西北地區東部可能出現40℃以上的高溫天氣，但一般不是持續性的高溫。 在華南的臺灣、海南、福建、兩廣等地，6月的平均氣溫都在28℃左右。如果是在雷雨之前，空氣溼度大，確實是又悶又熱。有時需要向公眾發佈高溫預報，提醒人們預防中暑、空調病和急性腸胃炎。
