抗病毒治疗对肝硬化早期的病人更有效，对失代偿期的肝硬化病人效果较差。如果使用核苷类抗病毒药物进行治疗，必须征得病人的同意，并由专业医生密切监测。患者不应自行服药，因为在病毒变异或任意停药的情况下可能会出现严重后果。
肝硬化患者在接受抗病毒治疗时，不应拒绝使用原来使用的其他综合疗法，尤其是失代偿期的肝硬化患者，不应忽视通常采取的补充血浆和白蛋白等治疗措施；肝硬化患者如有感染迹象，应给予额外的抗生素以减少内毒素血症对肝脏的影响。
肝硬化患者必须将抗病毒治疗坚持到底，不能轻易停止治疗。此外，应至少每治疗3个月进行一次检测，特别是对容易造成肾脏损害的严重患者，以加强对治疗的监测。
大量的临床研究证实，即使是小剂量的干扰素也会导致一系列的不良反应，如一些患者的肝炎发作或严重的细菌感染，出于安全考虑，干扰素在失代偿期乙肝肝硬化患者中是绝对禁忌的。根据亚太肝脏协会（APASL）慢性乙型肝炎管理指南和美国乙型肝炎治疗指南：对于肝功能失代偿或即将失代偿的患者，替比夫定、恩替卡韦和阿德福韦都可用于初始治疗。由于这类患者需要长期抗病毒治疗，应密切监测与耐药性有关的所有指标，一旦出现耐药性突变，应及时采取措施。
