目前恐惧症的病因尚不明确。研究表明，可能与遗传因素、素质因素、生理因素以及心理社会因素等有关系。
1、遗传因素
恐惧症具有家族遗传倾向，尤其影响到女性亲属。有研究表明，同卵双生子比异卵双生子的恐惧同患率更高。某些特定的恐惧症具有明显的遗传倾向，如血液和注射恐惧。
2、素质因素
有学者认为患者患病前性格多为胆小、羞怯、被动、依赖及高度内向，容易焦虑、恐惧，并有强迫倾向等。如果自小就受到母亲过多的保护，成人之后，也容易发生恐惧症。
3、生理因素
有人发现恐惧症患者的神经系统的惊醒水平较高，这种人很敏感、警觉，处于过度觉醒状态。其体内交感神经兴奋占优势，肾上腺素、甲状腺素的分泌增加。但这种生理状态与恐惧症的因果关系尚难分清。
4、心理社会因素
患者在首次发病前可能会有某种精神刺激因素，资料表明有近三分之二的患者都主动地追溯到与其发病有关的某一事件。19世纪初，美国心理学家用条件反射理论来解释恐惧症的发生机制，认为恐惧症状的扩展和持续是由于症状的反复出现使焦虑情绪条件化，而回避行为则阻碍了条件化的消退。即当患者遭遇某一恐惧性刺激时，当时情景中另一些并非恐惧的刺激(无关刺激)也可能同时作用于患者大脑皮层，两者作为一种混合刺激形成条件反射，所以今后重遇这种情景，即便是只有无关刺激，也能引起强烈的恐惧情绪。然而部分患者并无曾受恐吓的经历，有些患者恐惧的对象经常变换，这些都是条件反射学说难以解释的。
