有证据表明，锂盐、丙戊酸钠、卡马西平和帕罗西汀有导致胎儿畸形的风险，因此在怀孕的前3个月应避免使用。锂盐最主要的问题是心血管畸形的风险，发生率约为1.2%-7.7%，其中三尖瓣发育不全（Ebstein Anamoly）最为严重，尽管其绝对风险率很低（1/1000）。
神经管发育缺陷的风险主要与丙戊酸钠和卡马西平有关，尤其是丙戊酸钠，其发生率可高达6%。拉莫三嗪相对安全，但最近的数据表明，它可能与兔唇/腭裂有关。关于非典型抗精神病药物的信息很少，所有这些药物都被FDA归为C类（即不能排除风险）。
目前所有的抗抑郁药的风险评估也被列为C类（帕罗西汀和安非他酮除外）；帕罗西汀在怀孕期间应避免使用，因为它可能与新生儿心血管畸形有关，而安非他酮则被列为B类（目前没有证据表明对人类有风险），因此如果怀孕期间需要使用抗抑郁药，可以优先使用。同时，在怀孕的前10周要避免使用苯二氮卓类药物（因为有引起兔唇/腭裂的风险）。
如果在怀孕的前3个月发生情感障碍的复发，如果可能的话，使用非药物的社会心理治疗。如果疾病复发的风险大于治疗药物的致畸风险，可考虑采用改良电休克疗法（MECT）或药物治疗来控制情绪发作。怀孕不同阶段的治疗方案的选择需要根据药物的潜在不良反应来决定，例如，对于怀孕前三个月的急性躁狂发作，适合使用C类非典型抗精神病药物；而对于双相抑郁症发作，适合使用MECT或喹硫平。
尽管可以考虑使用其他抗抑郁药，如安非他酮或SSRIs（帕罗西汀除外），但需要联合使用非典型抗精神病药以降低一过性躁狂的风险。由于怀孕会增加孕妇的体液比，药物维持者在妊娠中期和晚期需要增加剂量，以保证稳态血药浓度和疗效，但在分娩前几天需要减少剂量以避免毒性反应。
必须告知患者，在中晚期妊娠期使用精神药物可能会增加胎儿死亡、胎儿生长迟缓和新生儿中毒的风险。此外，有报告表明，在怀孕期间使用丙戊酸钠可能与儿童的语言智商发展较低有关。
