一、临床表现：
1、症状：反复发作的肛周肿痛、流脓，急性炎症期可发热。
2、局部检查：视诊可见外口凹陷或突起，时有分泌物。浅部肛瘘肛门周围可触及硬索，可判断其行径。
3、直肠指诊：齿线附近可触及凹陷或硬结，可初步确定内口位置；亦可大体评估肛周括约肌功能。
二、辅助检查：
1、探针检查：建议采用银质球头探针，可初步探查瘘道的情况。
2、肛门直肠镜检查：与双氧水和低浓度亚甲蓝配合使用，可确定或了解内口位置。
3、瘘道X线造影：采用泛影葡胺等造影剂从外口处注入瘘管，在动态下观察管道走形及内口位置，尤其对于复杂性肛瘘的诊断有参考价值。
4、直肠腔内超声：观察瘘管的走向、内口以及判断瘘管与括约肌的关系。但有一定的局限性，多结合临床。
5、CT：用于复杂性肛瘘的诊断，可配合造影检查同时进行。
6、磁共振成像：是目前对复杂性肛瘘诊断最客观、判定疗效最为准确的检测手段。能较好地显示瘘管与括约肌的关系，准确性高，有条件时应大力推广。
7、肛门直肠压力测定：了解及评估肛门直肠功能情况。
